古月美香死后五年，人类社会面临深刻危机。
征兆出现在太阳。在太阳表面如痘痕般的黑子数量急剧增加。
所谓黑子，是自太阳内部放出的磁力线的痕迹。太阳虽与地球同样携带磁场，但由于其为气体构成、随着自转流动不息，故磁力线的分布错综复杂。与地球北极为N极、南极为S极的整齐分布不同，太阳的磁力线如迷宫般交错缭乱，在星球内外蔓延爬布。当磁力线从太阳内部向外放出之时即产生黑子。黑子的大量增加意味着太阳的磁场活动现已进入活跃期。
缭乱的磁力线不知何时互相交会。此时会发生什么呢？此时交会的磁力线融合为一，变成新的磁力线。新磁力线被抛向太阳表面，随后引起剧烈爆发。这就是太阳耀斑（太阳フレア）。同时，来到表层上部的磁力线在行将终结之际，遗留下了大量能量。这些能量变换为周围等离子体的动能，然后如同柏青哥的小钢珠一般以极速向外抛出。这就是日冕物质抛射（CME）。
太阳耀斑本非罕见。此时抛射出的等离子体与地球大气层相冲击，就会形成极光。然而这次所产生的太阳耀斑规模却大得异常。突如其来、毫无前兆，接近通常情况万倍以上的超级耀斑就这样发生了。
太阳耀斑的破坏由三阶段构成。从X射线和紫外线等电磁波到粒子辐射，再到等离子体形成的日冕物质抛射。以光速行进的电磁波首先抵达地球。这些高能电磁波将构成电离层的原子所带电子喷出。因饱和电子吸收掉短波，地球上所有无线电设备都将陷入瘫痪。
此时，新园真织正为出席国际再生医疗学会而搭乘前往美国的飞机。从成田机场出发后三十分钟，飞机已平稳进入平流层。正在新园真织读着论文有点犯困之际，驾驶舱里突然陷入慌乱。是航班与航空管制中心的无线电通信中断了。同时，空中防撞系统（TCAS）也已无效。全世界的机场都引发了巨大混乱。因空中和机场跑道碰撞事故造成无数火海。毕竟大型喷气式飞机与复叶式飞机不同，是无法仅靠肉眼进行操作的。
“各位乘客，我是机长。因机器故障，本机将返回成田国际机场。事属紧急，非常抱歉。”
听到广播，乘客们吵嚷起来。四周的紧张气氛让新园真织也清晰可见。不过还没有引起大的混乱。至少此时还有片刻安稳。
就在喷气式飞机在空中大幅度掉转，准备返回成田机场之时，太阳放出的大量粒子辐射也到达地球。虽然地表有大气作为屏障而未遭影响，对于平流层的飞机上的乘员而言却是完全暴露在辐射之下。
“请问各位乘客中有医生吗？”
乘务员大声询问。
“我是，不过还在实习。”
新园真织举起了手。
“请来这边。”
乘务员带入驾驶舱。有位身着制服的女性不断呕吐着。呕吐物中混杂着血液。
“这位是机长，她突然身体不适的样子……”
乘务员说明之际，落单的副驾驶员正紧张操纵中。
“您患有什么疾病吗？”
机长痛苦地摇头。如果不是患病，到底是什么原因呢……
“不好了！乘客他们！”
另一乘务员脸色苍白地跑了过来。好像是客舱的乘客们纷纷倒下。并发症状有呕吐、腹泻、脱发等。
“真的！？那不就是……不就是急性辐射病（ARD）的症状吗！”
新园真织不觉叫出声来。
“辐射病！！”
驾驶舱全员震惊不已。
更加震惊的陆续有来。随着阵阵轰鸣，飞机机身大幅倾斜。是被雷电直击了。而且雷电是从上方而来。通常而言，雷电发生在云层中，如今云层明明是在飞机下方。而这次的雷击来自平流层之上的电离层。受太阳耀斑放出的X射线和紫外线影响，电离层被加热后发生大规模对流，高电子密度的电离层与地磁相互作用下便产生电流。
“你在干什么呢！要好好驾驶啊！”
新园真织激励着副驾驶员。
“那个……机器，机器好像出问题了……”
似乎还是新人的年轻驾驶员已有些慌乱了。
“喂说笑的吧！？”
“即将进行紧急水面降落……请回到座位上……”
新园真织回到位上。通道已被呕吐和腹泻的污物搞得粘稠脏乱。世界各地的驾驶员都因辐射病而呕吐下泻，导致航行中的飞机纷纷坠落。战斗机和轰炸机也未免此难，其上搭载的核弹陨落地表更带来了放射性污染。国际空间站的航天员们，此时已集体殒命。
飞机在高速下降中，她感到有些失重。已经看到水面了。飞机的倒影渐渐变大，随后激起波浪，开始水上降落。
此时浮现于新园真织脑中的，不是担心溺亡或者辐射，而是古月美香。古月美香的大脑现在虽还在医院的地下，用液氮冷冻后精心保管着，一旦自己葬命于此，恐怕不久后就会被当作垃圾处理掉吧。自己绝对还不可以死，无论如何，都一定要存活下去。
“快啊！快逃啊！要沉了！就要沉了！”呼吁逃生的副驾驶员已经陷入恐慌。冷水从机身舱口喷涌而入。害怕就这样溺死的乘客们开始慌乱，机舱内飞舞着乘客们因过于亢奋而喷出的沾满血液的呕吐物。新园真织一边用手挡开喷向脸上的呕吐物，一边滑出机身舱口。她死死抓住了水面上充气成救生船的紧急逃生装置。
飞机开始沉没。一半的乘客尚未逃出，水也灌入机舱内部，整个机身产生倾斜。要是被波及就全完了，救生船连忙与机身脱离。
救生船上，新园真织看向四方。远处隐约有岛屿。这里应该是千叶县附近海域。本以为很快就会有船只前来，但在无线电与GPS都失效的现状下恐怕并不现实。结果在水源与食物短缺的情况下，夜晚已经到来。
太阳虽已西沉，世界却并未沉入黑暗。空中闪耀粉色光芒的光带像有生命的窗帘一般波动摇曳。这是极光。作为太阳耀斑的第三阶段、招致最大灾害的日冕物质抛射终于抵达地球。太阳周边的等离子体被磁场的小钢珠击飞，然后以迅猛的速度向地球倾注而下。这些通常情况下本应被地球磁场所拦截而只落于南北两极的等离子体，此时挣脱了磁场束缚，到达全世界每个角落。等离子体与大气中的电子相撞而形成光。同时，地球的磁场被严重扰乱。磁力线如酒醉发作的八歧大蛇般暴乱不止。这就是地磁风暴。变动的磁场让全世界所有电线和电器制品产生过剩的感应电流，最后造成短路。这时，全世界的都市都被黑暗所包围。
医院的人工呼吸机停止工作，患者在无比苦闷中死去。交通信号灯也停止了，有行人被车撞倒，在痛苦中流血而死。不过最糟糕的事态发生在核电厂。在内部的冷却装置已经瘫痪、也无法从外部进行任何救援的状况下，全世界的核电厂接连发生堆芯融化。在通信断绝的当下，连向周边居民迅速发布警告都无法实现。由于无法在初期遏制住火情，核反应堆持续燃烧，不断释放出辐射能。在这一片混乱之中，无数人失去了生命。
面临如此巨大的灾害，新园真织依然存活了下来。她到底是靠什么活下来的？可说全靠她的执着。是对古月美香的执着拯救了她。不知是幸运还是体质的原因，早发性辐射病的症状并未在她身上出现。然而，她的身体却有着癌化的可能。
人类文明也存活了下来。不知是靠执着还是什么，总之文明得以存续。对于幸存者们而言，等待他们的是一个残酷的世界。未经处理的核电厂飞散出辐射。因太阳耀斑放出的粒子辐射而产生的氮氧化物破坏了臭氧层，致使引起皮肤癌的紫外线完全通过。由于电离层受到加热，大气对流加快，导致异常气象频繁发生。全球温室效应也随之加剧。这并非全赖太阳磁场增强之故，而是因为阻止了银河中交错飞舞的宇宙射线进入地球。宇宙射线与地球大气碰撞后即产生云粒。宇宙射线进入越多，产生云量就越多，反射阳光后造成全球变冷；反之银河宇宙射线越少，云量就越少，从而加剧全球变暖。
太阳观测卫星因电磁波而故障，所以也无法获取太阳耀斑的数据。太阳黑子的数量并未减少，可见下一波太阳耀斑随时可能爆发，迅速发射卫星已迫在眉睫。然而直到基础整备完毕为止，人类足足花了五年时间。
根据卫星观测结果，人类得知了一项惊恐的事实。巨大规模的超级耀斑别说完结，现在也仍在活跃。自五年前的耀斑袭击以来，虽然地球此后没有再遭直击，但事实上，以历史观测都无法考量的大规模耀斑正在频繁爆发之中。如今的太阳竟剧变为一颗极不安定的恒星。对于这个不可思议的事实，人类完全不得其解。从引发超级耀斑的原因这个角度考虑的话，只能设想是出现了靠近太阳的天体之故。是这个天体与太阳的磁场交错混合而产生的能量引起了耀斑。一时之间流传太阳附近存有流浪行星或者矮星等低亮度天体的言论甚嚣尘上，但之后就被彻底的观测结果所否定。然而，观测揭明了更加奇妙的事实。通过探测太阳附近的等离子体，可以追寻到磁力线的动向。结果发现，磁力线如同被虚空吞没般在半截被切断了。被切断的磁力线像风筝线一样摇曳不止、互相缠绕。这在现代物理学上是不可能的。按常理，磁力线一定是由N极出来后进入S极。观测显示出的唯一的可能性只有磁单极子（magnetic monopole）。可能是只有S极或N极的粒子位于太阳磁力线的一端。根据现代物理学通说，磁单极子仅发生在宇宙初期的暴胀（inflation）阶段，而且即使发生，也会因宇宙膨胀而扩散远播、其存在本应非常稀有。然而，现在的观测结果就是这样。结论只能认为是太阳周围大量存在的磁单极子引发了太阳耀斑。不知不觉间，该现象已被冠以<磁单极子·超级耀斑>之名。
人类的生死存亡，如今就取决于<磁单极子·超级耀斑>直击地球与否。对于眼下臭氧层已被破坏的地球而言，若受到第二次直击，到时不止对人类、对地上所有生命都将是一次大灭绝。人类必须尽快找到对策。
人们激起喧嚣异常的大讨论。包括从通过造成黄石超级火山群喷发、以喷发形成的悬浮颗粒来保护地球的大规模方案，到免费分发帽子的小规模计划，抑或是通过操作人类遗传因子促使人类进化为水生人类这样标新立异的方案等在内，共有761项方案作为候补被一一列举。人类最终实行的，是遗传工程学与宇宙工程学的组合方案。
计划的关键，在于以遗传工程学生成的耐受辐射和紫外线、并能将其作为能源的共生细菌。耐受辐射的遗传因子来自于切尔诺贝利核电厂周边发现的菌类生物。该类生物可以对同一遗传因子进行大量复制，当细胞遭受辐射损害时，其通过抽取复制的大量遗传因子中作为最大公约数的遗传信息以进行对应。同时，该生物也可以吸收辐射作为能源。防御紫外线的方案，源自于赤道地区的虾蛄。为应对赤道地区强烈的紫外线，虾蛄的细胞内部含有用于吸收紫外线的滤光器。而且，人类对植物所含的叶绿体遗传因子进行改良，将原本无法吸收波长较短的紫外线的叶绿体改造为能够吸收紫外线。将以上三种遗传因子组合而成的，正是所谓<新工具>（Novum Organum）。<新工具>为一种共生细菌，性质接近线粒体和叶绿体，作为高等生物的细胞内小器官进行运作。之后，该名称的含义有所扩张，与<新工具>共生的高等生物本身也被称为<新工具>。
计划进入下一阶段。接着，是把大量卫星排布在地球轨道上，作为<新工具>的巢穴。作为该阶段中心的，是依附碳纳米管进行吐丝的蜘蛛和如同植物般在卫星地面绽放的水母。水母像年轮般一圈圈向外侧生长，内侧则逐渐硬化。蜘蛛就栖息在水母内部，以抵御恶劣的真空环境。它们通过支撑的碳纳米管向地球吐出丝线。宛如芥川龙之介笔下的蜘蛛丝般将卫星与地球相连。以连接的丝线作为支杆，无数丝线以放射状向外伸展，构成了一种以水母为支撑的空中生态系统。这正是为了替代失去的臭氧层，而以水母·蜘蛛共同体来抵御紫外线的计划。不管怎样，这也不是完全令人放心的计划。把生死交予遗传改造生物，人类也无地自容。然而，这是无可奈何。因<磁单极子·超级耀斑>而损失惨重的人类预算有限，像制造空中巨盾这样大规模的工程毫无可能。做到投入自我复制生物进行抵御已是极限。除此之外，就只能给每个人免费配备帽子而已。
就此，<新工具>计划正式启动。进行之中，人类发现一件奇妙的事实。在<磁单极子·超级耀斑>发生的四年三个月后的半人马座阿尔法星、六年后的蛇夫座巴纳德星、七年六个月后的狮子座沃尔夫359、八年后的大熊座拉兰德21185，均被观测到发生了<磁单极子·超级耀斑>。这究竟是怎么回事呢？阿尔法星系距离地球约4.4光年、巴纳德星约6光年、沃尔夫359约7.8光年、拉兰德21185约8光年。换言之，在太阳发生<磁单极子·超级耀斑>的瞬间，周围的恒星也同时爆发了耀斑。听到消息，物理学家们心脏病都快犯了。观测所揭示的事实完全打破了这个宇宙时空的局部性。这意味着某处发生的现象，没有经由中途的空间，而是立刻对远处的地点造成了影响。如果确有此事，这就颠覆了相对论，连原因和结果的顺序也能逆转。学者们纷纷怀疑起自己是不是正在做梦，发狂一样互相拉扯着脸皮，但醒来的人一个也没有。在那之后，天狼星A、天狼星B、鲸鱼座BL星、鲸鱼座UV星也相继观测到耀斑。人们心里犯着嘀咕，难道全宇宙的恒星都在同一时刻爆发了耀斑吗？人类丝毫不能理解的现象正发生在这个宇宙之中。人们面临的正是宇宙级的恐怖。
然而，真正的恐怖来自略低之处。不是宇宙，而是天空。作为臭氧层代替品的<新工具>培育成功了。或该说是成功过头了。它们爆发性地生长起来。以活跃化的太阳放射的辐射与紫外线为能源，<新工具>密密麻麻地不断增殖，逐渐长成了一片片空中悬浮森林。抬头细看，在云层更高处隐约可见巨大而纤薄的灰色风筝的样子。那就是作为空中生态系统基底的水母。水母张开巨伞，乘上平流层的强风，几十年如一日地悬浮在空中。在它的生命周期中，不知已环绕地球多少次，更不知其间由单性繁殖增加了多少子子孙孙。与水母共生的是蜘蛛。蜘蛛通过结实的丝线降到地表，然后将营养源运送给水母。连接卫星的支杆如今长到像棵粗壮的巨树一样。硬化的水母繁殖出几千万新生的水螅型幼虫，如茫茫白雪般降临地表。到这一步，遭殃的是地表的生态系统。本已遭太阳耀斑直击而衰弱不已的地表，如今又要面临大举入侵的蜘蛛和水母。蜘蛛是肉食性动物，通过将活着的猎物用消化液溶解来进食。现在，人类也进入了猎物的行列。距离支杆最近的赤道附近的都市首当其冲被全部毁灭。高层建筑作为巢穴再好不过，一栋就足足被数十个蜘蛛巢团团包围。因蛛丝经碳纳米管进行配合强化，新建起来的蜘蛛巢又组成了高楼之上层层叠叠的建筑物，整个都市展现出一幅异样的风景。<新工具>本身不存在天敌。因强烈的紫外线导致外出还要准备好帽子的人类更连敌人都称不上。巨大水母作为空母在平流层自由移动，海洋或山岳都无法构成人类的防壁。<新工具>把赤道附近地区作为根据地，逐渐向南北扩张势力。以往的生物的能源，归根结底还是依赖进行光合作用的植物，而光合作用也只吸收可见光作为能源。与之相比，<新工具>却还能吸收紫外线和辐射作为能源。也就是说，<新工具>有着超出以往的生物数倍的行动力。兼具爆发性的繁殖力和超常的行动力，<新工具>在全球不断扩张。人类，应该说以往的“旧生物”本身的劣势，如今已成了无可否认的事实。
新园真织对这严酷的现状不屑一顾，只一头扎进古月美香的复活计划中。人类的灭亡逐渐迫近的眼下，未来科技已经无法指望，只有靠她自己亲手实施计划了。虽然她的身体因受到辐射而渐渐癌化，不过一想到可以把自己的身体用作进行复活的技法演习，她便觉得以代价而言真是便宜。
此后，终于到古月美香从黄泉归来之时。这时距离她的死亡已过去了三十年。与之同时，支配整个宇宙历史的<偶像>也迎来了诞生。