西元4世纪 在罗马，被视为异教徒且遭受迫害的雷司托雅，在死之前一瞬间化为意识体逃进人类的共同意识<笛卡儿剧院〉，习得了创造实存寄生的能力。此后数百年，一直停留在试错阶段。
1615年 大阪夏之阵，寄生于丰臣家千代公主的砂奈诞生。与丰臣家旗下武将——真田幸昌学习身为武土的战斗方式以及精神。最后千代公主心灵崩溃，纵火烧毁大阪城，导致丰臣家灭亡的砂奈发誓，来世一定要过得更加幸福。
40年前 刘甫獏出生。十二岁双手便沾满鲜血。约十九岁时，因求知欲旺盛，翻阅古籍文献时得知实存寄生的存在，夺取父亲公司的竜斋寺秀也〈二十三岁〉认识刘甫獏〈二十岁〉，并得知有自我意识的寄生虫一事。两人建立了「Paraminati」组织，并打造由组织百分之百完全出资的实存寄生研究所。有了竜斋寺家庞大的资本支援，实存寄生研究加速飞快前进。
16年前 实存寄生研究所研究员增川银次与臯月两人产下一子——增川唐人诞生。唐人天生有心脏上的缺陷，原计划让实存寄生寄生于唐人身上，以治疗病症，然而唐人无法承受，只好发动实存寄生改造计划<P计划〉。皐月为第一号实验体，死亡。
15年前 银次胞弟之二女，增川樱诞生。顺带一提，其长女增川姬已于八年前出生，但樱的家庭与唐人的家庭本来关系就不融洽，
7年前 大学生吉宫绮罗〈十八岁〉进入研究所协助银次做研究，并照顾唐人〈九岁〉。银次为使研究速度加快，于脑内植入带有P细胞的芽殖孤虫〈拥有雷司托雅与现世之接续点的个体〉，丧失情感，同一时期，庵斋寺秀也认养志保为养女。
6年前 增川姬〈十七岁〉因与家庭不合离家出走，被组织收容。唐人虽与其许下私奔约定，但约定最后未达成。姬大受打击，封闭自己的心灵。
5年前 姬被唤至研究所，听取银次为了P计划所执行的实存寄生手术提案。绮罗也参与手术执刀过程。手术结果，姬虽必须终生服药才能存活下去，但其身体能力增长，也成了当红偶像。研究因此更往前迈进了一大步。
2年前 于组织就职的鮎濑成为姬的经纪人，一年后塞尔加寄生在鮎濑身上。
1年前 绮罗反抗组织下达的櫂实处分令，开始过着从研究所及组织魔掌中逃亡的生活。变为成体的櫂实于公寓独自生活，她虽然不大记得绮罗是谁，只隐约知道有人对自己很好。春天，唐人进入宿木高中
故事发生当年
4月 绮罗赴任成为宿木高中护士，寄送入学申请至櫂实家。
5月 櫂实转学至宿木高中。
6月 P计划终于完成。银次带样本回家等待机会。一切虽属偶然，但经由樱之手，砂奈寄生于唐人体内，再度诞生到这世上。一阵手忙脚乱后才平静下来。
7月 罗伊子逃离研究所〈此时，相马也经由雷司托稚安排而逃走，组织认知逃亡的实存寄生只有櫂实、罗伊子、相马三只。〉由于宿木高中传出实存寄生反应，志保接受秀也的命令，转学进行调查，引发波奇尔帝国事件。悔改后的志保离家出走，与罗伊子一同旅行。
9月 宿木祭。组织派遣增川姬、鮎濑白美、横川塞尔加三人前往调查。砂奈化身偶像一举成名。三人背叛组织。之后，唐人的家遭竜斋寺秀也烧毁。
10月 唐人一行为救出志保与罗伊子，前往北海道并遇见棘球蚴虫的实存寄生绘希乃。绘希乃将学校化为雪山，最终被消灭了，但相马却利用雪融后满地泥泞的校园，让多人感染弓浆虫。随后寄生法庭开庭，相马带着砂奈陪葬而消灭。
11月 雷司托雅正式发动奇异日。世界上的寄生虫开始实存寄生化。唐人一行，将进行最后决战。