从前从前，在世界的某一个角落里，住着一个蛇发女妖。这个女妖的身体是由三个姐妹所组成的，其中两个姐姐都具有金刚不坏以及长生不死的魔力，只有最小的妹妹墨杜莎没有。
女妖的模样长得相当恐怖，她的头发是一条条的毒蛇；嘴里长着野猪般的獠牙；一双青铜色的手，一对金黄色的翅膀；浑身上下长满鳞片。更可怕的是，这名女妖还有副恶毒的心肠，任何人只要看见她们的容貌，都无一幸免地会被变成石头。由于所有看到她们的人全都变成了石头，因此有关她们的事，永远只能像个传说似地传着，没有人知道她们住在哪里，而她们也得以永远安心地存活着。
直到一天，一个名叫帕尔修斯的英雄出现了。他立志要剁下墨杜莎的头颅为民除害。
帕尔修斯是人类黛娜儿被暴君父亲关在高塔时，和前来慰借她的众神之父宙斯所生下的孩子。可怜的黛娜儿在生下帕尔修斯后，即被父亲驱逐出境，一路流浪到一个岛国，岛国的国王见黛娜儿美丽动人，想娶她为妻却被拒绝。心有不甘之余，于是便为难黛娜儿的儿子帕尔修斯，要他砍下蛇发女妖的头颅才肯放过他的母亲。
就这样，帕尔修斯便立下志愿，非除掉蛇发女妖不可。
这天，帕尔修斯来到了女妖经常出没的山区，苦苦找寻，却不知女妖究竟藏身何处。由于他的身分特殊，再加上勇气可嘉，智慧女神雅典娜于是要赫米斯等诸神，助帕尔修斯一臂之力。
神灵赫米斯借给帕尔修斯的是一顶隐形帽、一付青铜盾牌，以及一双能随意飞翔在天空的鞋子；女神宁芙则是借给帕尔修斯一个袋子，预备让他装下女妖的头颅。
就这样，帕尔修斯准备前往和女妖一决死战了。不过在这之前，他还得先去找另一个女妖格赖埃。因为在这世上只有格赖埃才知道蛇发女妖住在哪里。
话说格赖埃是蛇发女妖同父异母的姐妹。因此，格赖埃的身体事实上也是由三个女妖所组成的。所不同的是她们三人只有一颗眼珠、一副牙齿，所以，每次要看什么东西或吃什么东西时，三人总是抢着要拿眼珠和牙齿，把它嵌入自己的眼眶及嘴巴，再拿出来轮给下一个人用。
格赖埃在得知帕尔修斯的来意后，原本不肯透露蛇发女妖的住处，毕竟蛇发女妖算起来还是自己的姐妹，再有什么不对，总是不好胳臂往外弯。帕尔修斯见屡屡晓以大义，仍不能从格赖埃的口中得到期望的答案，最后只得使出杀手锏，威吓三人若再不说出蛇发女妖的住所，他将取走三姐妹共同的眼珠，让三人永远看不见东西。不得已之下，格赖埃这才透露蛇发女妖的藏身处所。
来到蛇发女妖的栖身之处，帕尔修斯格外地小心翼翼，准备随时和女妖一决死战。然而偌大的洞口，却不见里头有任何声响。帕尔修斯探了又探，才发现原来蛇发女妖此时正窝成一团在睡觉呢！
帕尔修斯想来个出奇不意的袭击，却发现怎么也看不清女妖们的脸，如此一来，根本没法准确地描准她们的头部。正感困扰时，突然手边拿着的向赫米斯借来的盾牌说话了。
「你是无法直接看到蛇发女妖面孔的，用这个盾牌去照她，她的面孔会清楚地映在盾牌上，看准后再接近，趁机会砍掉她的头颅。」
拜盾牌的提示所赐，帕尔修斯果然很轻易地就剁下墨杜莎的头颅。非金刚不坏之身的墨杜莎惨叫一声，血红的血液随之喷洒出来，把整个天空染得通红。妹妹凄厉的尖叫声惊醒了睡梦中的两个姐姐。看见妹妹的头不见了，同时颈部血流如注，两个姐姐顿时像发了疯似的冲出血雨，一边歇斯底里地大叫，一边扬长飞去，完全没有发现在一旁戴着隐形帽子的帕尔修斯。
待蛇发女妖盘旋离去后，帕尔修斯于是从容地将墨杜莎的头颅装进女神宁芙送给他的袋子内，再套上飞行鞋，轻松愉快地漫步在空中。
就这么走着跑着，还沉醉在方才除妖喜悦中的帕尔修斯，在行经衣索比亚上空时，不经意发现在衣索比亚沿海的一块岩石上，有个少女被绑在那儿。少女的模样非常美丽，引起帕尔修斯一阵心动，顾不得赶路回家，便冲到岩石去问个究竟。
一阵询问过后，帕尔修斯才明白，原来这位少女是衣索比亚国王的女儿，名叫安德洛美达。由于近来衣索比亚境内饱受海怪的侵袭，为了终止祸害，国王于是打算拱手把安德洛美达献给海怪，希望海怪能就此放他们一马。
「岂有此理，他们怎么可以这样对待你！」愤愤不平下，帕尔修斯心底「英雄救美」的念头亦冉冉升起，他决心要为安德洛美达解围，同时娶她为妻。
看着自己手上提着的墨杜莎的头颅，帕尔修斯心想，应该没有怪物不怕墨杜莎的，况且凡是看到墨杜莎面容的人都要遭到变成石头的命运，不如就拿这颗头颅来击退海怪吧！
于是，帕尔修斯决定要留下来陪安德洛美达，并等待海怪的出现。
等了好些日子，终于，海怪出现了，它张大嘴巴冲着就要向安德洛美达扑来。这时，站在一旁的帕尔修斯连忙自袋中取出墨杜莎的头颅，往海怪面前一伸，看见墨杜莎的海怪果然立刻就变成了石头。
看见有人要救走安德洛美达，衣索比亚国内的部分民众因害怕海怪再次找上门来，危害到自己的安全，说什么也不让帕尔修斯带走安德洛美达。僵持之中，帕尔修斯只得再拿出墨杜莎的头颅，往这群人的面前一摆，这群人果然也立刻变成了石头，一动也不动。这时帕尔修斯赶忙迅速救出公主，带着公主往回家的路上奔去。
回到家乡，帕尔修斯原想马上带公主去见自己的母亲，却发现怎么也找不到母亲的踪影。四处打听后这才得知，原来在他离开这段期间，母亲因无法忍受岛国国王波罗达格特斯的百般骚扰企图逃走，却被波罗达格特斯遣兵捉拿，如今已命丧黄泉。
伤心的帕尔修斯气愤之余，于是前往波罗达格特斯的宫殿，当场拿出袋中的墨杜莎的头颅，一瞬间，整座宫殿及国王的大军即刻都变成了一堆石头。
「哼！报应！这算是我送给你们的礼物！」帕尔修斯狠狠地扔下这么一句话后，怀着忿忿不平的心情偕同妻子离去。
拥有墨杜莎的头颅做武器，帕尔修斯及妻子从此本应该过着不惧危险、无忧无虑的生活，然而，事情却完全不是那么一回事。自从「帕尔修斯具有把人变成石头的魔力」的传闻传开后，所到之处，人人皆视帕尔修斯为瘟神，不敢和他说话、接近，甚至他想吃东西时也没人敢卖东西给他。想向人解释苏，还没等他开口，所有人都已跑得不知去向，这使得帕尔修斯感到相当困扰。见到丈夫如此不悦，安德洛美达于是向丈夫建言，何不把墨杜莎的头颅拿去献给雅典娜。反正妖怪已除，母亲的仇也报了，当初出发时又多亏雅典娜的帮忙，这时将墨杜莎的头颅献给她，是再好不过的处理方式了。
妻子的一番建议，帕尔修斯亦深表赞同。两人于是立即前往求见雅典娜。接过墨杜莎头颅的雅典娜，内心也感到欢欣无比，她迫不及待地将墨杜莎的头颅嵌进自己的盾牌中央，有了这个「装置」，今后她的女神盾牌威力可就大大增加了。
「哈！哈！哈！」雅典娜乐得不可开支。
这下子轮到神灵们慌张了。
雅典娜的盾牌嵌上墨杜莎头颅的消息在神灵间传开，引起众神灵一阵哗然。
「那女人究竟想干什么？嵌了一个可怕的东西在盾牌里。」不等众神之王宙斯发言，天后赫拉马上没好气地批判着，一副相当不以为然的表情。
「更重要的是，盾牌中央嵌入的墨杜莎头颅，虽已没有了生命，但它能把人变成石头的魔力依旧存在呀！听说那头颅上的蛇发至今仍蠢蠢欲动地钻动着，这就是最好的证明啊！」赫米斯代表众多神灵，向宙斯报告。
「那头蛇发还在动？谁看见了？」爱芙罗黛蒂一脸好奇，向赫米斯询问着。
「那不过是传闻。只是，就算是传闻，让雅典娜拥有如此强大的神力也不是件好事呀！万一哪天她发起脾气来，胡做非为，不就世界大乱了吗？」
「雅典娜是个聪明人，她应该不会这么做的。」
「要怎么做随她高兴。届时，她若将所作所为冠冕堂皇地冠上正义啦、理性等字眼，不要说是人类，就算是我们神灵对她也无可奈何呀！弄不好连自己也被变成石头了。」
「说来说去不就是你自己胆小嘛！我们是神，难不成神灵见了墨杜莎的头颅也会变成石头？那颗头没这等魔力吧？」
「不，蛇发女妖的魔法相当厉害，就连神灵，恐怕也难抵抗她的魔力。」
「哦？真有这事？这样吧！我派太阳神阿波罗先去试探看看，确定一下情况。」
「阿波罗知道自己一定会受指派，今天一早便推说头痛，把自己关在宫里，一步也不肯出门。我看，他也怕得很。」
就在众神与宙斯商讨半天仍苦无结论时，不巧这件事被躲在一旁的阿雷斯听见了。
阿雷斯在众神中是以粗暴闻名，他与主张正义的雅典娜长久以来向来处于交恶状态。尤其是过去一次他与黛奥米达斯交手时，雅典娜竟然多管闲事出手协助黛奥米达斯，使得阿雷斯受伤战败，这笔帐教阿雷斯怎么也忘不了，老早就想找机会好好修理雅典娜一顿。今天听得这消息，阿雷斯报复心理又油然而生。
既然雅典娜有墨杜莎的头颅，为了能与她抗衡，想必也要有墨杜莎两个姐姐的头颅才行。可是，偏偏墨杜莎的两个姐姐又是金刚不坏之身，怎么杀也杀不死，若是贸然前往，恐怕届时头颅还没取成，自己已被变成石头了。这可怎么办才好？想到这里，教阿雷斯莫名地焦急了起来。
「既然蛇发女妖有此强大魔力，能让看见她的容貌的人全都变成石头，则想必变成石头的人身上必定还残留有一部分的魔力。反正取不到墨杜莎两个姐姐的首级，不如我们就来搜集这些石头，用它来对抗雅典娜。只怕到时就算雅典娜能躲过变成石头的威胁，光被这些石头砸就够她受的了。」
见阿雷斯为这件事烦恼不已，他的情妇艾莉丝一天主动献上这么一计。
就这样，接下来的阿雷斯和艾莉丝，每天忙着「制造」这些石头人。
他俩先是威吓着一大群人，把人们驱赶到蛇发女妖面前，让他们一个个变成石头人。接着，再把这堆石头人用大袋子装起，搬到人群聚集的地方向人群投掷，果然，又有一大群人变成了石头。
「我们要赶紧增加石头人的数量，一定不能再输给雅典娜那家伙了！」一边将石头人装入袋中，阿雷斯一边这样自我督促着。
由于受阿雷斯残害变成石头人的人数实在太多了，许多人老远一看见阿雷斯，赶忙拔腿就跑，深怕下一个受害的就是自己；来不及逃跑的人只有双膝跪地，苦苦哀求阿雷斯。只可惜，阿雷斯的狠心也是出了名的，面对人类的哀求，他根本无动于衷，照样对他们下毒手。
「再这样下去也不是办法，成天躲躲藏藏，过着提心吊胆的日子，我们都快疯了。」
「这一切都是雅典娜闯的祸。要不是她激怒阿雷斯，阿雷斯也不会对我们这样赶尽杀绝。」
「对！都是雅典娜。我们应该叫她交出嵌入盾牌里的墨杜莎头颅，只要她肯交出来，就能平息阿雷斯的怒火了。」
为了免除生活上的恐惧，渐渐地，要求雅典娜向阿雷斯示好的声音此起彼落，人人都认为眼前最快速又有效的解决方法莫过于此。可惜，这样的想法并不为雅典娜所接受。在自认为正义、和平使者的想法下，雅典娜不但不肯拔除盾牌中的墨杜莎头颅，甚至还有欲借盾牌的魔力和阿雷斯奋战到底的打算。就这样，在一场雅典娜与阿雷斯的对决中，伤及许多无辜，有更多的人们被无情的魔法波及，活活变成石头人。
这使得人们愤慨的声音更大了，要求雅典娜即刻放下武器以平息战争的人数也愈加多了起来。
面对来自人们的责难，雅典娜也相当为自己抱屈，同时更痛恨人们为何是非不分。
「错在阿雷斯，为何要我屈服？我手持盾牌，不肯摘除盾牌上的魔力，是为了保护大家，和阿雷斯相抗衡。为何大家反而不肯站在正义的一边？」
激愤之下，雅典娜不知不觉地将盾牌愈举愈高了。随着盾牌的高举，魔力不但遍布人间，更直达天庭。受到魔法的波及，渐渐地，住在天庭的诸神开始有关节疼痛的毛病；经过数百年后，关节部位逐渐像是得了关节炎似地变得僵硬起来；再过几千年，众神一个个竟都变成了石头。
就这样，天神面临了绝种的问题，反倒是人类，仗着数量众多的优势，即使一部分的人们变成了石头，靠剩下的幸免于难的人一番努力，马上又恢复以往的热闹的景象。
「尽管天神们都变成了石头，但是，被魔法变成的石头，本身还是具有魔力呀！」或许你要说。
只可惜，这些附着的残余魔力是会随着岁月逐渐消失的。就像那些成了石头的天神们，不久后，变成真的只是块单纯的石头了。
教训：即使是神灵也不免为病痛所扰。