「我将记录一切的记事本放入时光胶囊，深埋地底，千年后才能公开。
致千年后看到这封信的你，请问这个世界改变了吗？」
二十一世纪，人类文明灭绝，进入黑暗时代。
千年后，人类重建世界，但世界永远变了。
二〇一一年，科学家发现第一名拥有超能力的十九岁女性，她就如同促进全人类进步的新型结晶。多年后，日本的觉醒者－－少年A，在深夜撬开大楼锁头，残杀十七名女性，揭开世界反抗超能力者的序幕。全球出现多起暴力事件，超能力者组织起来，主张淘汰普通人，美国内战引爆全球战争。人类自相残杀，文明正式毁灭，进入了黑暗时代。
千年后，不会超能力的人类完全灭绝，全球人口锐减，幸存的少数人只能用超能力自保，东京剩下废墟，地表充斥危险生物，文明倒退回原始社会，人们想不起世界何时变成这样，也忘了原来世界究竟是什么模样……
住在日本「神栖66町」的人们跨越末世，建立和平社会，以注连绳围起小镇，仰赖大自然的恩惠，延续人类文明。他们说，这是完美新世界，人类没有杀戮的本性，甘愿无偿劳动、全心投入教育；还说，孩子只须学习控制超能力，别独自踏出注连绳，记得在音乐〈归途〉响起时尽快回家；而且，千万小心叫做「恶鬼」和「业魔」的生物。
但五名少年少女触犯禁忌，知道了「黑暗时代」的秘密。原来人类从未停止杀戮，超能力者虐杀同类、奴役普通人；城镇外的荒芜大地竟存在高智能的机械，保存千年历史，但这段历史却出现一段问也问不出来的神秘空白。而大人居然没惩罚触犯禁忌的孩子们，真相，继续掩盖在层层谎言下……
诡异的事不只如此，学生无声无息地失踪；镇外的「某种存在」正蠢蠢欲动，等著夺回应得的东西；种植在孩子心中的「怀疑」，伴随他们成长，等待爆发的时刻……新世界，将再次面临毁灭！
