第三次世界大战终于开始了。
薄薄的液晶电视中，一名手持麦克风的女记者神情认真地伫立着，可以看见她背后弥漫的暴风雪和黑烟。
「开战至今已经十一天了。即使到了今天十月三十日，伊利沙里纳独立国同盟国境附近的战火似乎没有熄灭的迹象！哇，现在各位观众看到的，应该是学园都市的轰炸机？日本政府再三否认参战之意，并表示这次事件完全出自学园都市独断的行动——」
因战争陷入恐慌的不只一般老百姓。
正在日本海上空，实际对战的俄罗斯空军女飞行员也正咬牙硬撑着。
「什么叫『只投入防卫上所需最低限度的战力』？那群人根本已经投入足以把俄罗斯全国化为火海十次的火力吧！」
「我是学园都市的龟山琉太。我会温柔地击落你的，所以请放心，小姐。别以为你逃得过以光速飞行的雷射哦。」
就在这场战争的中心，亦即俄罗斯的白色雪原中，冲天头少年上条当麻和魔法师少女蕾莎正缓缓前行。
「又是右方之火。是他躲在罗马、俄罗斯势力背后，策划这场对学园都市展开的战争！」
「打从骨子里就属于魔法阵营的右方之火，他的目的看来并不像只是为了出动军队。而且派军的时机，正好跟获得能连接禁书目录那十万三千本魔道书的远距离控制灵装重叠，这点也很让人介意。」
「无论如何，找该做的只有一件事……就是打倒右方之火，救出茵蒂克丝。」
同一时刻。
俄罗斯与伊利沙里纳独立国同盟国境附近。
滨面仕上和泷壶理后两人，再次搭着偷来的车在战场上奔驰。
「不管怎么做，如果没有学园都市的技术，我们还是无计可施。我们的目的并不是打倒学园都市。」
「滨面，你必须在这场战争中，找出能当作谈判筹码的东西。学园都市和俄罗斯之间的战争，哪里是关键所在？怎么做才能左右战局？以这些为重点来寻找……」
俄罗斯国内。
奔驰在横跨欧亚大陆铁路上的货物列车中，一方通行蹲坐在地，紧抱着几乎已经失去意识的最后之作。自从超自然的存在爱华斯出现后，对御坂网路加诸庞大的负荷，对娇小的少女身体造成更可观的伤害。
击败了袭击货物列车的驱动铠甲军团，一方通行在确认敌人想强行抢夺的行李箱内容物时，想起爱华斯所说的话。
「羊皮纸啊……？这东西能成为拯救那小鬼的线索？」
为了击溃右方之火的计划，上条和蕾莎来到伊利沙里纳独立国同盟，以保护实行计划所需的修女米夏·克洛伊洁芙。然而突然现身的右方之火，却轻易打败了在场的魔法师伊利沙里纳和前方之风；并强行掳走米夏，他在临走之前还对上条如此说道：
「发现全部事实的十万三千本禁书目录会怎样惩罚你？值得令人期待。」
国境附近的村落。
为了治疗身体情况突然恶化的泷壶理后，滨面在一名叫狄格夫的男子带领下，来到位于俄罗斯和伊利沙里纳独立国同盟边境的一个小村落，让她在诊所接受照顾。然而，这个小村落却突然遭到俄罗斯军方管辖的外籍兵团「私掠船」的袭击。
「怎么办？无论跑到哪里，只要敌人从空中发动攻击就完蛋了。所有人都会被杀的！」
「我们用那座高射炮吧。只要使用那群人留下的高射炮，就算对方派来攻击直升机，我们也能反击！」
俄罗斯空军基地遗址附近的雪原。
不断在雪原中前进，以找出羊皮纸最后送达地点的一方通行和最后之作，在此处遭到学园都市阵营袭击。敌人的真面目是「番外个体」。是从原本不应该实行的第三次制造计划中，所制造出来的体细胞复制人。
「上面已经决定处置方式了。杀光所有无法利用的旧型号。新系列的御坂们会更新御坂网路。」
村落附近的针叶树林中。
滨面正坐在几乎已经半毁的高射炮车辆中，茫然地看着远方。
一把巨大的剑从侧面贯穿撕裂空气，在空中飞舞的攻击直升机机体。
从爆炸燃烧的直升机残骸中拔出剑的，是不屈不挠的佣兵。
「就容我后方之水僭越，来助你们一臂之力吧。」
从俄罗斯国境通往市区的道路上。
远眺着上条当麻和一方通行展开激烈的战斗，蕾莎不由得倒抽一口气。
面对一方通行背后分裂成无数羽翼，从四面八方同时来袭的黑翼，上条知道自己无法以右手完全消除他的力量，于是反过来利用劣势，「抓住」黑翼并用力扭转。
然而，
（……真的光靠那样，就能解释清楚吗……？）
伊利沙里纳独立国同盟。
被打倒的一方通行醒来，发现自己人在卡车的后车厢中。躺在他身旁熟睡的最后之作附近，有张小小的字条。上面用杂乱无章的文字写着这样的字句。
index-Librorum-Prohibitorum。
「禁书目录……」
战争卷入了更多人，并且自发性地越演越烈。
在日本海上空作战的战斗机飞行员，从同袍之间的通讯中，可以窥见困惑的语气。
「你说克里姆林报告……？」
「那是使用『细菌之墙』的核武发射设施防卫准则。利用杀人病毒，只杀死人类并毫发无伤地从敌人手中取回设施。感到即将战败的俄罗斯军部，似乎已经开始在讨论要使用这项武器了。而且并未向附近居民发出避难警告。」
在义大利某医院中沉睡许久的教皇慢慢清醒了。他打开病房窗户准备逃出病房，并以魔法和俄罗斯成教的魔法师瓦希莉莎通讯。
「现在的我，已经等同于丧失所有权威。就算我开口也阻止不了这场战争吧。」
「即使如此，你还是决定挺身而出。既然如此，或许你还有些利用价值啊。」
学园都市。
第二十三学区的跑道上，又出现两架新的超音速轰炸机准备起飞。
其中一架走中，载着学园都市排行第四名的等级5超能力者·麦野沉利。
失去一臂与一眼的她，盯上的猎物并非俄罗斯军人。
「……真是令人期待啊，滨面——！」
另一架轰炸机中，载着第三名的等级5超能力者御坺美琴。
她是在击垮原本应该运送的乘客，也就是上条当麻讨伐部队的所有队员后才顺利登机。
「我也忍耐到极限，差不多要发飚了。再不快点开去俄罗斯，我可会让你们尝到苦头哦。」
俄罗斯国境附近的基地。
回到据点的右方之火，正与俄罗斯成教的主教尼古拉·托尔斯泰进行魔法通讯。
「连无人武器都出动的学园都市，拥有压倒性的战力。我受你的三寸不烂之舌煽动引发战争，你应该明白再这样发展下去，我们正朝着什么样的末路前进吧！」
「不用慌张。我已经得到大天使『神之力』加百列，有了这个，你还打算继续说梦话？」
（……话说回来，那东西并不是为了这么无聊的事才弄来的。）
以另一种法则产生的天使，亦即学园都市的AIM扩散力场集合体，风斩冰华展开背后的翅膀，划破了日本海上空。
理由只有一个，为了帮助她的「朋友」。
「请不要对我的『朋友』出手…………如果你敢出手，就算最后会落得『两败俱伤』的下场，
我也会将你当成敌人。」
位于英国首都的圣乔治大教堂中，魔法师史提尔·马格努斯因愤怒而全身颤抖。他眼前有个瘦小的人影，以不自然的举动缓缓坐起身来。
那是脑中记忆并保管着十万三千本魔道书的少女，茵蒂克丝。
「——确认敌对性质。现在起……使用术式解析，以及……构筑并执行对应的特定魔法……」
利用这场大战，正一步步得到一切的右方之火。
朝着他的据点前进的上条当麻，低声说出这句话：
「或许我的确是欺骗了茵蒂克丝的混蛋。但我应该低头的对象，绝不是右方之火。」