■天之缝
超级EVA一冲进开在天上的「窗口」，真嗣就发现了异状。窗口应该没有厚度，能够在穿越后立刻看到不同于这边的窗后风景才对，但窗后的风景现在却离他很遥远。
等注意到时，接近二次元平面的窗口就如同通道似的延伸开来，让窗后的景观看起来就像是装在画框里的画，不断地往对面逃去。超级EVA就以之前的高速朝着那个风景飞去，应该是这样才对……
这说不定很不妙啊，真嗣会这么想是因为感觉。
——没有前进的感觉——
就算出口再遥远，如果是驾驶着飞机之类的机械，就只需要不断开着推进器就好，但EVA是凭借感觉的装置。要是被夺走前进的感觉，说不定就会真的停下来。
天使载体从后方追赶过来。载体后方——看不到第三新东京——那边的窗口看来是关闭了。当他稍微焦虑起来时，绫波零No.特洛瓦说道：「大概……」
目前真嗣是把插入拴座椅让给戴着精神保护装置的绫波，自己则是站在座椅旁，跟上次一样，以仿佛推着摩托车的姿势横挡在绫波面前，握住左右两侧的操纵杆。
「是不想让我们通过呢。」
原来如此，这是对方采取的妨碍手段。就像是要证实这点——
「出现了呢。」、「我可不希望你们出现啊！」
开启「窗口」的那一对黑色阿尔玛洛斯型出现在前方。
EVA尺寸的两架巨人各自拿着一把相当于自己身高，外观看似锡杖的棍棒。是打击武器吗……它们的棍棒在中间交叉，挡住去路。
「！」尽管有些装模作样，但这个动作的意图却很明显，明确传达了任谁都能看懂的强制禁止通行之意。
听说NERV JPN作战部似乎是要将开启空间窗口，暂称Victor 2、3的这两架巨人直接冠上「Gatekeeper」或「阿吽」这种没花多少心思的代号，但看来这个名称似乎没有错得太离谱……尽管应该是在高速飞行着，却怎样也没办法缩短与对手之间的相对距离，让真嗣边飞边心不在焉地想着。
手指在辅助控制面板频频游走，持续输入指令的绫波说道：
「碇同学，抱歉，肩上的新型炮尚未完成同步设定。」
「等下再弄就好，看情况也没有要立刻战斗的感觉。」
「它们会来妨碍通行，也就是说……」
「也就是说？」
「虽是自己开的窗口，但没办法在有物体通过时强制关闭，这或许是这样的系统。」
——原来如此。
「我倒是没想这么多。」
腹背受敌，而且前方还是未知的敌人。
越过发丝顺着LCL水流飘荡的真嗣头部看向外头的景象，绫波零No.特洛瓦在即将爆发混战的预想之中，不可思议地充满着安心感。
在三年前的总部战之前，绫波曾一度遭到初号机拒绝。当然，当时的状况和戴着思考保护装置的现在不同，但过去存在于初号机之中，在根本上与绫波相同的母亲存在消失了，让如今的初号机成为了真嗣本身，她能直接感受到这一点。
不规则的高速机动带来破坏性的加速度，尽管靠着充满插入栓的LCL分摊冲击，借此减轻搭乘者的负担，但依旧还是会受到摇晃。零No.特洛瓦在晃动中稍微挪动臀部坐正后，就像是要增加与真嗣接触的面积般，深深躺进插入栓座椅上。
真嗣则为了从座椅右侧握住左侧操纵杆，让上半身从绫波的膝盖上横越过去，位在她胸前的头部注视着前方……
——忍不住想摸看看。
「咦……怎……怎么了！」
「……嗯嗯，没事。」
根据之前目睹过这种情景的摩耶说法，这是真嗣专注于飞行之中，意识仿佛转移到超级EVA身上一样，让被留下来的肉体有如石头般保持着原本的姿势硬化，不需要动手操作，就能在感觉相对缓慢的时间流动之中，让EVA进行瞬间的机动。
她虽然还没看过这种现象，但觉得这种待在真嗣体内的感觉应该不会变吧。
「那么，要上喽！」
「嗯。」在这个以高速进行缓慢移动的诡异空间里，超级EVA将长刀SRL备前指向前方的敌人。
■窗口之外
第三新东京市在将超级EVA送往「窗口」对面后，隔着芦之湖的南岸火灾现场突然响起激烈的哨声。
哔哔——！
「停下来！那玩意动了！——中止！作业中止，大家快退！」
当中断消防作业的消防车辆开始急忙撤离时，对面那具浑身是血的巨大身躯也开始试图爬起。
「设备就丢在这里，别管了！快向总部发出紧急——！」
发出咚咚声响，把坠落时沾满全身的砂土与瓦砾抖落到地面的火灾现场上，猛烈地扬起火星。
那是收纳着巨大的水栖使徒迦基尔幼体的天使载体。虽然那个使徒幼体被超级EVA就像顺便似的撞爆了，但作为载体动力源的两座QR纹章还有一座健在，在失去使徒之茧的情况下活动着。
这则通报让逐渐松懈下来的指挥所再度充满紧张感，冬二大声喊道：
「希丝！F型零号机！能从驹岳射击哨取得射角吗！」
在超级EVA穿过敌人开在空中的「窗口」后，天使载体们就追着超级EVA返回窗口对面，开在芦之湖南方天空上的「窗口」也忽地消失。
威胁就此从位于芦之湖北岸的第三新东京NERV JPN总部所能掌握范围内消失，尽管依旧维持着战时轮班，但冬二也指示消防与救护班出动救援，这场骚动就发生在这种时候。
『……我好困喔。』
「等等，现在睡着的话就再也醒不来啦！」
通讯影像上的小不点绫波零No.希丝在让头发飘荡的LCL水流中板着一张脸，就像闹别扭似的噘着嘴咕噜咕噜地吐着泡泡，不过她还是在进行攻击瞄准。
「乖孩子。」
『我跟冬二一样是高中生耶……诱饵呢？』
——要是不引开注意力，光靠偷袭很难保证一定能打穿载体的能量盾，就算做为目标的QR纹章只剩下一座也无法乐观，毕竟她操控的并不是超级EVA——希丝是这个意思。
「——你说得对，就派侦察无人机〈UV〉去引开那家伙的注意吧。」
就在这时，萤幕上的地图比例尺改变，连同围绕着芦之湖的箱根山火山臼的外侧都一起显示在画面上，随后应该离去的超级EVA的位置标示就突然出现在火山臼外侧的西南方上。但是没有识别信号〈IFF〉反应。
「怎么啦？」侦测到跟超级EVA产生的心跳一模一样的重力波动。
「资料上不是说这个是有办法复制的吗？」
这是感测器侦测到超级EVA特有的波动，进而将方向标示在萤幕上，不过冬月提出了EVA EURO II的例子。
「原来如此！」
天使载体对心跳产生反应，摇摇晃晃地转向南方，背对着F型零号机的方向，搭乘在上头的小不点希丝并没有放过这个机会。希丝将十字准星往左侧挪去。
「滋哒哒～♪滋哒哒～♪」哼着奇妙的歌曲。
这是在载体肩膀上，QR纹章配合手臂摆动摇晃的——
「滋哒哒～♪滋哒哒～♪以这个节奏修正预测的未来位置。」
F型零号机没有右手与右脚。借由把手脚部件拆解下来，让EVA本体误以为装在原本右手位置上的巨炮是自己身体的一部分，进而在巨炮的加速炮管上产生绝对领域。而在炮膛内的回旋加速器中绕行的弹体粒子——
「砰！」
就在扣下扳机后脱离闭曲线，在有如鸡蛋内侧的炮膛内以螺旋缩小再度加速，送进侵蚀型的ATF枪管里。
虽然这把运用绝对领域的粒子炮「天使脊柱」开火声相对于规模来说相当安静，但几乎同时的弹着效果却很惊人，QR纹章瞬间爆炸四散的光芒，在山脚下明亮照着因冲击而倒地的天使载体。
「好耶！」
就在这时，有人以呼叫频道进行明码呼叫。
『NERV JPN，听得到吗？我方要越过外轮山了，可别开枪啊。』
巨大的机动兵器为了避免遭到误射，点亮全身上下所有的警示灯，从南方山脊的对面现身。
「那是啥啊。」
机动兵器在黑暗中的动作，就像是以动态捕捉感测器反应着装备者的行动一般，将有如星座般发光的右手朝向跪在地上的载体，随后突然一阵激烈闪光后，载体就被炸得粉碎了。响彻湖岸的巨响迟了一会才传过来。能自由移动枪口的大口径二十联装机关炮以面压制击发的贫铀弹动能，不仅将载体的上半身打成肉酱，就连喷出的血沫都蒸发掉了。
出现的是战自的机动兵器AKASIMA。
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以古汉字中由风与台两字组合而成，让人印象深刻的这一个字为名现身的机动兵器，正是古代人们对于台风的通称。那个巨大身躯就像是在反映其名般，发出刺耳的涡轮声移动着，在双脚一侧因为重量而陷进外轮山的山脊表面，一面缓慢地取得平衡站好后，经由某种方式产生的模拟重力波动——超级EVA的复制心跳声就停下来了。
也就是说，这架新装备并不只是个兵器。
「战自的机械人偶也装备了量子波动镜呢。」摩耶说道。是用2N反应器产生必要的重力子吧，继欧洲的EVA EURO II之后，看来目前正流行着复制超级EVA的心跳声。
■时之蛋
战自方面提出的出动理由，是根据「当箱根山火山臼内发生的大型威胁个体处理案件预估可能会越过外轮山时，战自方有必要协助阻止」的双方协定。
「实际上又是如何呢……是想趁机测试所装备的复制心跳能不能引诱天使载体吧。」日向评论着。
『负责人在吗？』
对于询问，冬二回道：「就在你面前哟。」
AKASIMA发出的通讯切换成加密过的影像线路，军服上挂满装备背带的通讯对象在摘掉头盔护目镜后，就自称是对使徒立即反应部队的远藤，指名要与总司令葛城美里对话。
「我是代理副司令铃原。总司令目前另有要事在身。NERV JPN相关事宜，由你眼前的小鬼头全权负责。」
由于对话中断，「——那失礼了。」冬二打算结束通讯。
『等等，铃原代理副司令。』远藤陪起笑脸。
『真是抱歉，原本调动到第二东京市的我等AKASIMA部队，现在重新配置回外轮山外侧，这次只是想跟各位打声招呼。各位应该会在近期内收到日本政府或你们的上层组织联合国通知，日本政府目前正在与联合国协议，看看能不能将一部分的政府机能转移到第三新东京市这里。」
「咦？」中甲板的青叶等人摇头表示不知情。
目前箱根山火山臼是联合国的租借地。这件事在各方面上都不太寻常吧。
日向偷偷向冬月报告。
「有小规模的战自部队在东侧的箱根汤本，还有西侧的少女峰对面集结了。」
「而南侧是机动兵器部队啊。」——是打算用刀抵住输送电力物资的命脉，让我们陷入恐慌吧。电力还有办法自行维持一段时间，但要是物资食粮的流通中断的话可就糟了。
「但是，为什么是转到这里啊？」冬二询问。
画面上的通讯对象稍微笑了一下。
『你们或许以为自己才是目前这场灾难的专家，但意外地没有注意自己周围的情况吧。这里是国内最震动程度最低的地方喔。明明板块交接带就在附近，这还真是件怪事呢。也就是说，这里是「会抑制住摇晃」的场域。我方的科学顾问推测，可能与此处地下空间的黑体——时间停滞球有关。』
「不不不不——」冬二说道：「这里也相当会摇耶。」
尽管他嘴巴上这么说——但心里也觉得这也不是不可能的事。
将旧总部与中央核心区吞噬的漆黑巨蛋——时间停滞球。那颗没有任何反射的完美黑色物体有着一堆让人无法理解的事。只不过，莉莉斯就在那个的中心处。假如是莉莉斯将时间冻结让自己陷入沉眠的话，那么它就是在等待着阿尔玛洛斯宣告的「下一个世界的补完计划」来临——这是很有可能的想法吧。
■加持与美里与卡特尔与……
穿越空间后出现在赛普勒斯的异形0·0EVA卡特尔机看着自西方天空来袭的欧洲巨人——EVA EURO II。
跟NERV JPN情报部的剑介在一起的加持良治，以原本的姿态被基尔·洛伦兹所留下的遮光器占据精神成为了SEELE，在这里与被绑架过来的NERV JPN总司令葛城美里会面，而有如洁白天使的欧盟EVA就在这个时候出现在西方天空中。只不过，绫波零No.卡特尔没有做出任何行动。
最早遭受袭击的人——零No.卡特尔。在EVA被植入QR纹章后，卡特尔就开始听得见「声音」。受到作为基础的另一个绫波No.特洛瓦集中控制，有着相同的容貌却没有自我，就像沉睡般活着的少女，因为在轨道上遭到迎击的恐怖而使个性觉醒了。
——绝望、混乱，以及孤独，为了远离这些而逃亡。
这就是如今绫波零No.卡特尔的一切。自从其他「自己」的声音变得断断续续后，自己就被这么决定了，只能顺从着这股令人疯狂的焦躁行动。
因为加持的精神遭到SEELE夺取而深陷痛苦之中的美里，看起来就跟自己一样。所以才会将她从职责的牢笼之中带走，跳跃到地中海东侧的赛普勒斯岛。可是——
「美里为什么不逃离牢笼……」
「牢笼……总之你现在先跟0·0EVA一起离开这里！你没有跟欧盟的EVA战斗的理由吧！」
EVA EURO II划开云层而来。已经能捕捉到我们的身影了吧。
「——回答我……为什么还在扮演……看到加持现在的样子，美里为什么还能保持正常？他不是你喜欢的人吗？」
对于没有采取任何行动的绫波零No.卡特尔的提问，美里无可奈何地回答。
「说我正常还真是谢谢你呢，这是不自行察觉就无法理解的事，所以我就不说明了，不过可以跟你讲道理并非因为我是大人喔。」
然后反问着。
「卡特尔，你本来想到看我怎么做？」
看着她们之间的互动，被SEELE夺取精神的加持的容器咯咯笑起。
「没用的，这个碇源堂的人偶就只能从形式上理解人与人之间的人际关系。」
这个SEELE看来是无论如何都不打算把绫波当成人类看待的样子，就像看透了她似的把话说下去。
「作为你主体的人偶，专有名称是绫波零No.特洛瓦吧——那东西长久以来所无法表现的感觉就在人偶间的连结被截断时，以扭曲的形式被表现出来了吗？真让人看不下去呢。」
突然间，0·0EVA扭曲变形的装甲发出嘎吱巨响，用巨大的左手抓住加持。尽管如此，加持的容器依旧笑着。
「——你是『恐惧』吧？」
被人说中自己的本质，似乎让卡特尔非常生气。
「！卡特尔，住手！」
拒绝源堂之后失去他的恐惧。
因为补完计划失败而失去未来的恐惧。
真嗣不肯成为自己依赖对象而空虚的恐惧。
这些恐惧所带来的混乱、混浊，即是现在绫波零No.卡特尔的本质。
「套用赤木律子的说法，就是不像样呢。」
SEELE化的加持不断挑衅着卡特尔，卡特尔以用力握住加持的状态，将他从地上拿到自己站着的位置——0·0EVA胸前的QR纹章之前瞪着他。
让No.卡特尔与她的0·0EVA疯狂、变质的，就是这个QR纹章。这块鳞片虽是月面的黑色巨人阿尔玛洛斯植入的，但令她变成这样的关键，还是从绫波身上分裂出来的，卡特尔自身的感情。
「哼，你就连自己正感到愤怒也不自知吧。」
加持就像感受不到疼痛似的嘲笑着卡特尔——然后朝着遥远的下方大喊。
「葛城美里，就让你见识一下古老的戏法吧！」
加持的容器在这样叫喊后，手就从卡特尔的耳旁穿过，伸向她背后的QR纹章——
「——辛苦啦，碇的人偶。」然后把手抵在QR纹章上。
尽管EVA EURO II还在遥远的天上，但直接掩护机也已经开始远离，躲藏在山脉后方。这是为了躲避攻击波动——它要从这个距离发动攻击。
「卡特尔，总之你快逃啊！」
——要是不逃的话，那干脆——美里身旁的剑介也喊道。
「用你的伽马射线雷射的话，射程相当足够吧！把欧盟的EVA干掉！」
「不行！那个的驾驶员可是你以前的同班同学洞木啊！」
剑介的肩膀抖了一下。「——你说什么！」
实际上，安排欧盟德国暗中诱拐小光一家的人正是剑介。
尽管如此他依旧吓了一跳。在明日香离开德国时，也同时将EVA与适任者的所有资料一起带到了日本。即使能够用留下来的废弃编号重新开发EVA，但适任者方面就束手无策了，所以希望能让洞木光暂时前往欧盟担任重新选拔适任者的样本，剑介是如此听说的。而且欧盟的EVA应该会成为国家的象征，不会是为了世界的存在，所以不可能会让亚洲人驾驶的，他还做了这种臆测——
——就像被人揍了一拳，鼻腔里感到焦味，脑袋一阵晕眩——
「该死……！该死！」
陷入混乱的剑介，突然和美里一起被0·0EVA变异体用左手一把抓起。而直到方才都还被这只手抓住的加持的容器则是——
「跳吧，碇的故障人偶。」发出命令。
对于从背后抱住自己的加持，绫波零No.卡特尔毫无抵抗的回答着。
「是，一切都遵照您的命令——」
庞大的热能与电场！轰的一声刮起大地。
EVA EURO II发射的阳电子炮击中目标，阳电子在撞击时散发出从电波到辐射等各式各样的波长，并在化为强烈热量的瞬间让大地爆裂，澈底改变了这一带的地形。不过，0·0EVA变异体已在这之前融入地面，失去踪影。
——天旋地转——
经历过瞬间冲过大地内部的转移感后，卡特尔机在地上世界的某处深谷里再度构筑形体，是座几乎是悬崖峭壁，地面如血一般鲜红的奇特山谷。
「你对卡特尔做了什么！」美里在EVA的指间中追问。
「具备意识的人类姑且不论，人偶就只是个传递装置，做了什么的，是你们口中的黑色巨人鳞片——QR纹章哟。我说过了吧，我有办法读取它们的技术。」
——这可以说是SEELE所继承的技术吗？——
「在你体内的加持，是绝对不会这样说卡特尔的喔。」
「现在就先欣赏风景吧，葛城美里。」
他依旧用着加持的轻佻语调，这如今让人更加火大。
等回过神时，已来到一个毛骨悚然的场所。就像是巨人的手脚被从岩石里拖出来，有如肠子般痛苦扭曲的奇形怪状岩石布满着这一带岩石表面。
「这是什么……」
「杰出到令人作呕的景象对吧。姑且还算是自然岩。只不过，就算用『大洪水』让世界重新开机，要是执念与罪业太深，有时就会像这样将过去世界的模样映留在下一个世界上。」
剑介尽管因为首次的空间转移而无法站稳脚步，也还是从EVA的指间里环顾起四周。
「这里是……哪里？」
「就如你们所见，『人体之谷』是这里现在的地名。是总数破百的EVA最后的激战地点，过去世界的呢。在循环赛中直到最后一架解体——的厮杀，想以这些数量开启生命之树。」
美里回想起三年前在总部战时，那株刻划在天空中的光之树。
「……补完计划。」
「没错，至于这边的情况呢——则是以那个为中心，瞧，地震把岩壁震垮了，能稍微看到一点。」
「！」冲击——当看到那个的时候，全身感受到没有亮度的闪光与听不见的巨大声响！
美里与剑介在EVA手中踉跄了一下，一起用手掌、手臂遮住那个，把脸别过去。
——被以不成言语的话语拒绝了！
勉强隔着手掌看到的那个——
——黑色的？黑曜石般深色的玻璃结构体。加持的容器随口抛出一句。
「那就是你们在寻找的方舟哟。欢迎来到非洲，这里是阿特拉斯山脉，是拥有泰坦巨神之名，不乏这类传说的非洲大陆最左端。」
「什么！」
剑介抵抗着那股阻止他们靠近的力量，想设法看清楚那个。
「靠近一点，再靠近一点……！」
「好啊，就让你亲自体验看看吧。」加持的容器弹了个响指——
「啊！」0·0EVA变异体把手靠向地面，只将美里留在手掌上，让剑介滚了下去。
——！剑介一离开EVA，就立刻在地面上闻到了！
「呃……啊——！」
「相田！」美里就在这时闻到那股甘甜香气。
是最初开在第三新东京市的「窗口」所吹来的香气。这里是！仔细一看，会发现红色地面上到处都是崩塌的白色盐柱——
「不行，相田，快点回来！」
「这是代价哟，对他至今的所作所为。」
剑介用左手搔抓着胸口，右手朝着加持的容器称为「方舟」的东西伸去——
「都这个样子了居然还渴求着，还真惊人啊……！」
在这瞬间，他的右手化为盐粒崩垮，袖子失去内部的支撑啪沙地垮掉。
「相田！」
然而，盐化现象就在这里停下来了。剑介趴在地上蜷缩起身体，伴随着呻吟声痉挛起来。
「喔，居然带着『那个』啊，是计划周详还是偶然呢？」
就在这时，山谷里响起Allegorica之翼的重力子浮筒轰鸣声，EVA EURO II就像是从鲜红内脏的岩壁之中穿透出来似的追赶而来。
「什么！」加持的容器惊道。
「是对方的QR纹章与我方的转移产生共鸣，将机体牵引过来了吗？如果是QR纹章转移的方法被对方发现的话，事情可就棘手了！」
EUROⅡ在完全构筑实体之前开炮，有如幻影般的阳电子炮就这样直接穿过0·0EVA变异体。
「真是够了，在下一次补完计划前耽搁我这么多时间。」
加持话音刚落，0·0EVA变异体就粗暴地让美里滚到地面上，她直到撞上缩起身体的剑介才停止滚动。曾是加持的存在从EVA肩膀上，用那一如往常的笑容朝美里喊道。
「那个男人身上带着古代金属，不想死的话就别离开相田剑介的身边！虽然会拒绝意识体，但只要生物雌雄为一组的话，方舟基于初始结构是不会拒绝得太过厉害的，就是这种机制，之后你就好好努力吧，葛城美里！」
满身是沙的美里忍不住被他的笑容吸引，然后猛然回过神来。
——这只是反射动作啦！然而能感觉到这个场所排斥自己的力道变小了。
「……美里……小姐……」剑介还保有意识。
0·0EVA变异体站起身，让全身的拘束装甲嘎吱作响。
「你知道EVA为什么巨大吗？因为这是祭仪道具。」
曾是加持之人的声音从上方传来。
「是为了聚集天底下所有人的注目——有多少人注目就能束缚多少意识。在人类对面、丘陵对面、高山对面，不受遮掩地受到众人注目。这个场所也是如此，所以才会是巨人。」
「良治，你很吵耶！」
美里试图扶起失去右手的剑介，而在她背后，0·0EVA变异体开始充填起右手的伽马射线雷射炮，大大地张开从载体身上抢来的漆黑翅膀拍打着。
猛烈刮起鲜红的砂土后，为了迎击EVA EURO II飞上天际。