回到将超级EVA送往「窗口」对面的箱根。
尽管不知道超级EVA的下落，但只要跟特洛瓦在一起，真嗣就不会乱来吧。这曾是铃原冬二代理副司令的想法，但他如今则是后悔不已。
没有回报——也就是送往的地点很可能是在通讯圈外。没料到通讯环境最终还是断绝到这种地步了。
不知道窗口对面是哪里的景色，假设是在地球上的话，第二次开窗时，对面是艳阳高照的白昼。尽管只凭岩山作为地标是很不适当，不过根据阴影与日照的角度计算，地点很可能是位在大西洋周边的环状地带上——预测地点之所以会是环状，是因为无法分辨东西南北。而且远从欧洲到非洲，以及南北美洲，也有一部分的地点符合条件。没办法因为不确定位置，就派人去调查所有的可能地点。
至于外部的情报变化，则是欧盟军开始以猛烈的气势从地中海向北非进军。那会是在非洲吗？除此之外，地球各地都因为直径缩小发出灾难的呐喊。向神祈祷的人口增加是很自然的趋势，不过自以为是超越存在的代行者的阿尔玛洛斯，世界各地听见它「声音」的人数比NERV JPN所想象的还多上许多，让人也不是没有一种被那个黑色巨人巧妙欺骗的感觉。不过话说回来，各地的通讯中断，连卫星也无法使用的情况还真不方便。
而箱根的修复计划，由于在天亮后重启调查时发现到许多与现况不一致的部分，所以让铃原冬二NERV JPN代理副司令与担任辅佐的冬月一起，打从清早就在重新调整计划内容。
——虽然很在意真嗣他们——由于心中满是焦躁不安，于是冬二就试着向冬月提起战自的AKASIMA驾驶员向他们转达的话题。
「要将首都机能转移到第三新东京市啊……不知道该怎么看待这件事才好，箱根山火山臼的外轮山内侧这里，姑且算是联合国的租借地，会因为房东要住，就要我们房客滚蛋，或是移到角落，把正中央让给他们吗？」
「可是，」冬二说道。「敌人会到这里来耶，还隔三差五的。」
「是打算利用那个复制心跳声引诱敌人吧，不过也很怀疑这件事得到多大程度的认可，实际上对面或许也还在研讨当中吧。」
冬月在回答后，就把大半搁置的修复案件上的优先度「紧急」的勾选符号唰地通通取消掉。
——喂，还真不客气啊……
这让每次都会一件件地深思熟虑，拖拖拉拉难以决定的冬二感到害怕——
「真的要做的话，这可是件大事啊……！现在的第三新东京市可是跟盖在Geofront上头的时候不同，基地设施外围的市区除去武装区域，可是挤满着NERV设施，以及支撑NERV运作的市民与企业耶……」
「也是呢，那么你是要让日本政府到强罗西侧，在神山崩塌后遭到土石淹没的北部冲积扇地区扎营吗？很快就会因为与都市地区的差异起争执吧。」
说到这里，冬月就像是忽然想到似的问道。
「话说回来，代理副司令，就连本国政府都提出这种要求了，那么假设欧盟的……德国NERV说希望将EVA EURO II编入NERV JPN的话，你要怎么做？」
「咦？」这是什么惊人发展啊——
「哎呀～教授，我们可是在北海道跟那个打过一架喔，欧盟军机还在东北山中被卷入蝗虫风暴里，摔了一大堆下来耶——没这可能性吧。」
虽然嘴上这么说，但冬二心中当然有想到小光——EUROⅡ的驾驶员。
……哎，这个兜着圈子的坏心眼话题，会是老人用来增添对话乐趣的题材吗？
「也是呢，就社会结构来看，这是联合国组织的内部斗争。而派出自己军队参战的各国则是被牵扯进来的，所以必须追究责任归属并提出解决方法。以收拾善后的名目让分裂的NERV再度合并，联合国做出这种决定的可能性也不是零。」
注意到他是打算教导自己某种事情的冬二，停下手边工作听着冬月说明。
「而且对方虽然盗用了我们的技术，但EVA可不是工业产品，每一架都是特殊规格。当对方把EUROⅡ送来时，包含工程师在内的相关人员也会跟着一起过来吧。」
这感觉是件好事。尽管不想接受小光是过去差点杀死自己的EVA的驾驶员这件事，但要是她能够回来的话……
……只不过——等等喔？
「啊……就算没打起来，对方也能从内部吃掉NERV JPN的意思吗？」
冬二说出符合代理副司令职务的回答，让冬月扬起微笑。
「没错，不只是能窃取情报，还可能夺走指挥权吧。」
「嗯～嗯……」冬二一面沉思，一面回到修复计划的调整作业上。
当超级EVA冲进Victor 2、3开启的空间之门离开箱根时，绫波零No.希丝就已经操控着F型零号机出动，只不过搜寻被超级EVA破坏得乱七八糟的天使载体尸体与确认消灭的作业持续到深夜，身体约是八岁儿童的No.希丝终究吃不消。
昨晚早早就在插入拴内像只猫咪般卷曲着身子睡着的她，被科学部的调整室人员抱到床铺上躺平。
然后到了早上，在不是彻夜未眠就是只有小睡片刻的主要工作人员面前——
「早安啊。」她一个人带着毫不疲惫的表情出现。
「个子小充电也很快的样子，真让人羡慕呢。」冬二的感想让附近的职员说了一句。
「对我们来说，代理副司令也一样喔，才一个晚上你就撑不下去了吧。」
「——哎呀，想睡的时候就是想睡呢。」
冬二与指挥所甲板人员一起干笑，希丝拉着他的裤管。
「地面下有轰隆轰隆的声音。」
听希丝这么说，表情稍微认真起来的冬二看向萤幕。
「不好意思。」他朝着操作员喊道。
「请将环境资料拉到萤幕上，我看看喔，你是在二十三点之后去睡的——」
萤幕上的时刻表切换成日志档，唰地往上卷——
——在卷过头后将画面移回来。
「是这个吧。」
中甲板的工作人员答道。参照MAGI的回答——
「是火山蒸气在移动呢。」
箱根虽然没有天然温泉涌出，不过某些地点会喷出带有大量硫磺的蒸气，这里的温泉就是借由这种蒸气井加热的。
「在东南的……旧大涌谷附近很常出现这种现象……这次虽然偏向南方，但有可能发生吧。」
对于冬二的询问，检查日志档的男性职员一脸困扰的苦笑。
「毕竟地面被三四千吨的物体咚咚地踩着，脆弱的蒸气井三天两头都在移动，不过这么小的低频声，还真亏你能注意到……一般就算是躺在地上也听不出来哟。」
「真亏你能注意到，座敷希丝子。」
被冬二轻轻拍头的希丝有点生气。
在众绫波之中，她就连表情也特别丰富。
在三年前，驾驶员都是十四岁并非偶然。
脑部发展与EVA的同步率有关，据说巅峰年龄就在十四岁时。目前已过巅峰年龄的真嗣等人，是靠着提升训练水准，以及使用人为提升同步率的装置获得比巅峰值更高的数字，但这迟早会迎来极限吧。
年幼的希丝就是为了预防这种时候，特意在巅峰年龄之前从人工子宫内取出的个体。
将肉体与大脑作为容器，只要输入十七岁的知识，就能有如十七岁般的行动、思考——尽管众人这样认为，但实际上却并非如此。
作为知识的记忆，与配合身体学习到的记忆产生歧异。而年幼的心智年龄，也让思考出现很大的差异。这种差异原本应该是能靠四名绫波的连结消除的。会因为产生自我而出现个性虽然出乎意料，不过她如今就存在于此。
集中力高却无法持久，不够审慎但判断迅速。
这就是绫波零No.希丝。
「位置距离通往驹岳射击哨的地下搬运通道很近，就姑且做一下隧道内的维护保养吧。」
这个话题到此结束，零No.希丝感觉无趣似的离开指挥所。
她的特征之一，就是懂得无聊的绫波零。监视各位绫波脑部活动的三台N型机器人，在门外不停转动着等待她。
其中一台是希丝的机体，其余两台则是不在基地的珊克与特洛瓦的监视机器人，由于机器人之间会互相交换讯息，所以只要放着不管就会像这样聚在一起。
用橡胶履带移动的三台机器人，就跟在离开的希丝背后排成一列。
屋外还是一样匆促不已。遭巨大力量破坏后重建，虽然中间休息了三年，不过这就是第三新东京市的日常风光。不逃往他处是因为莉莉斯在这里，而每次都会投入足以重建都市的资材，是考虑到将目标分散各地的危险，认为让攻击损害集中在同一处会比较方便。
希丝背对着总是充斥着建筑噪音的都市地区，与三台机器人一起前往芦之湖畔。
小小的脑袋转了一圈——有个男人坐在岩壁上钓鱼。
身旁躺着一只大型犬，与主人看着相同的方向。
希丝想了一下，向他攀谈。
「你是外头的人吧，如果想伪装的话，只带狗会比较好。这个池子里没有鱼。」
绫波零No.希丝确实不是外表看上去的七岁小孩。不过她为了解闷打算玩火的心态，也无法说是经由十七岁的思考判断做出的行为。
「喔？喔喔！吓了我一跳。」
蓝色棒球帽的男人戴起运动太阳眼镜，跟这种样板角色在一起的大型犬——一只黄金猎犬转头望来。
希丝的兴趣瞬间转移到猎犬身上，在胸前敞开双手，猎犬想了一下后看向主人。
男人笑道：「安土，去打招呼。」
猎犬被这样叫到名字后站起，体型比希丝还大——三台N型机器人一齐躲到希丝背后，形成大型犬——希丝——机器人、机器人、机器人的奇妙直线。
毫不胆怯——没有这种感觉的希丝被猎犬安土舔了一下鼻子后，就伸出一双小手搔起它的颊毛，大型犬则是任由娇小的少女摆布。
希丝朝着猎犬说道。「你还是快点逃吧，有什么要过来了。」
「咦？那是什么——是指这里的警察吗？」
「不是的，是有什么在地面下。」
男人放下钓竿，因为这句话而转过身。盘起腿后，继续坐在岩壁上。
「去叫大人们确认吧。」
「大家都在忙，希丝明明就办得到……就算同样都是零，如果是特洛瓦的话，就会给她独自调查的行动嘘嘘了。」舌头还是一样转不过来。
「是行动许可吧——那该怎么办才好……那个……」男人指着她——
「希丝。」
「希丝！你觉得该怎么办才好呢？」
「让这些孩子装上震动感测器。」
三台N型机器人以乱数猜拳决定顺序，用男人的钓竿钓起鱼来。
「然后用EVA去调查。」
「喂喂喂，这也太危险了吧——」
「零号机的感测器对于其他波长，有着比直接视野还要丰富的感觉。」
「原来如此，安土，回来。」
希丝虽然感到依依不舍，但男人会把猎犬唤回，是因为猎犬身上亮着不可见波长的雷射光点。似乎是终于有人注意到有可疑人物在接触EVA驾驶员了。狙击手已经就位。根据光点晃动的幅度，是从一千公尺外的总部设施塔直接瞄准的，警备人员也很快就会赶来这里。
「老天保佑，老天保佑。」
男人匆匆离开现场，在警备部与情报部的眼皮子底下消失无踪。而正当返回总部的希丝在监察室里，准备被扛着反器材步枪，这种号称「只会用来攻击器材」以欺骗世人的大型枪的冬二狠狠大骂一顿时，警报突然响起。
指挥所这头，冬月下达将警报切换成警戒的指示。「别慌，是我们的友人。」
冬二也连忙赶到指挥所。「冬月教授！」
「战自的AKASIMA又打算越过山脊了。」
战略自卫队的大型威胁个体战专门兵器AKASIMA，这架躯体有如战车的机械巨人在芦之湖南方的山脊上若隐若现。昨晚才遭到他们的强制介入——
「没有任何通知。」
「快去询问，松代（注：指第二新东京市）那边也一样！」
无法理解机动兵器出动的理由，让指挥所陷入混乱。毕竟NERV以前也曾遭到战自攻打，无法忽视这种事态。
「战自的其他部队有动作吗？」
「其他方面，只有出动县政府要求的救灾派遣部队。」无法判断动向。
「希丝，快去整备室！要将F型零号机送上射击哨了。」
虽然夜晚时没看清楚，不过在光亮处看到的AKASIMA，会是部队章吗？装甲上印着一个小巧的犬型图案——
「啊。」希丝想到了什么。
「？怎么啦。」
「没事——」
冬二朝着跑走的希丝喊道：「把监视机器人留下！你用不着吧。」
不过一人与三台，这时已连滚带爬地冲进关闭的电梯门里了。
『指挥所管制站呼叫零号机，只需要牵制AKASIMA就好。』
「F型零号机，希丝收到。」
回复日向后，缺右脚的零号机就用作为义脚的大型固定桩与左脚站起，移动到能在地下搬运通道里高速运送它的托盘上蹲下，让机体固定住。
「已完成固定。」
『驹岳射击哨方面的轨道畅通。』
「出发！」娇小身躯突然被压在座椅上。装备重量三千五百六十吨，朝着南方一口气加速滑行。
指挥所这头即使派出机体全长约四公尺的推进螺旋桨式无人直升机升空侦察，想设法掌握同属人类势力的战自动向，然而却得不到AKASIMA以外的情报而感到困惑。
「昨晚那个男的，从AKASIMA发出通讯的那家伙，是叫什么来着啊？」
「……是叫远藤吧。」听到冬二的询问，冬月也颔首说道：
「又是那个男人……就他昨晚的口气来看，不像是会轻率挑衅的人。」
——哔！警报突然响起，冬二与冬月吃惊地抬头，萤幕上的地图从都市的武装展开图切换成运输路线图。
——看到地下搬运通道上出现红色警示。
「零号机F型，脱离搬运托盘！」、「你说什么！」
用通道内的监视摄影机拍摄紧急停止的托盘，发现上头就只载着一台像电锅长出手脚的N型机器人，看得让冬二差点跌倒——
「零号机！希丝，你没事吧！」
『I'm fine，thank you。』
「驾驶员生命征象、机体，皆无损伤。」
日向报告的遥测结果让众人松了口气，不过外部监视人员却随即喊道。
「AKASIMA越过山脊了！」
「来了！」担心再度爆发人类之间的战斗，让指挥所一时之间杀气腾腾，不过在看到外部摄影机拍到的AKASIMA后，场内立刻安静了下来。
「那是在干么啊。」越过——或是说，坐在山脊上看过来。
就像是个坐在外野看台上，有气无力的观众一样。
「～这些家伙，一个个都在给我开什么玩笑啊！」
然而青叶的叫嚷却解除了现场的这种气氛。
「旧Geofront南壁有异常热量！希丝机注意，就在你附近！」
F型零号机一发现开口就跳到下一个阶层，而那个阶层也被降落时的重量踩破，露出了旧Geofront阶层。看到墙壁被烧得通红——
——轰！的一声爆裂开来。出现的是——
「是桑德枫！——的幼体！由于搭载的载体被打烂，还以为早就消灭了……」
冬二会这么想也无可厚非。载体装在茧中抱来的使徒幼体，就算打倒也只会粉碎掉，不会引发十字相位爆炸。不论哪个个体，目前都是连核心都还没长好的成长前状态。
要是没有载体提供的能量，实在不认为它们能长时间生存下去。
冬月叫出研究所的摩耶画面。
「伊吹，你有何见解。」
『桑德枫最初是在浅间山的熔岩里被发现到的，要是地热与那个使徒的生存之间有着很大的关联……」
「这座箱根山也是火山——也就是说，这里是不会让那家伙死掉的环境吗？」
光看大量喷发的蒸气就能得知，箱根火山并不是一座死火山。
但也不是会频繁喷火的浅层岩浆库结构的火山。
在箱根北侧，菲律宾海板块就像指尖般伸进北美板块底下，而像是指甲的部分开了一道纵向断层。
箱根以北的平山断层与以南的丹那断层构成一条裂缝，从东西两侧夹住箱根火山所处的菱形地盘相互摩擦。这是板块运动导致的地盘变形，只要在地底的岩浆库上定期开出伤口，就会产生蒸气爆发，整座山体也会跟着膨胀。
而旧Geofront这个巨大的蛋型空间，就从侧面与这种地球科学上的修罗场互相摩擦着，当初在以声音探测发现到此处时，还以为是因为新山体的熔岩穹丘崩塌而被掩埋起来的古代小型火山臼。然而在挖掘时发现到壁面太过平滑，让众人改变推论，认为这里是埋藏在中央的莉莉斯产生的空间痕迹。
也就是说，旧Geofront确实是由人类挖掘出来的，但结构本身是由莉莉斯自己制造的。要不是这样的话，在这种板块与断层互相碰撞的荒谬场所，不可能会有能以人类技术建造地下都市的空间。
莉莉斯如今也制造出黑色空间，停止内部的时间将自己封闭在里头。这个空间的形状也是蛋型，还真是令人在意的相似吧。
而火山的使徒桑德枫，已抵达沉睡在这座火山怀中的巨蛋内部。
「零号机希丝，开始射击。」
F型零号机没有右手右脚，是因为在身上安装了挂在右肩上的长管枪「天使脊柱」。拜此之赐，让这把重粒子炮能以绝对领域进行驱动。其特征是以侵蚀型的绝对领域打破对手的绝对领域，具有着领域侵攻枪〈Field Sinker〉之名。
只要击中就能结束战斗，但在这场战斗中却是最糟的组合。相较于只有一只脚而缺乏低动力的F型零号机，桑德枫的动作敏捷。
——咚咚！
被猛扑后反击的第一发，贯穿了好几层天花板逃向天空。
桑德枫灵巧地动着长手臂，在轻易避开零号机的攻击后，造出火球朝它丢来。周遭的温度瞬间飙升。
「啊呜！」零号机护住脸的左手烧伤了。
尽管痛得表情扭曲，希丝也还是为了要让桑德枫进入射程范围而挥着天使脊柱。并排着领域加速器的外型虽是这把枪的强处，但这个长度如今完全是适得其反。追不上使徒的动作。
「呼——」
第二次的剧痛让希丝一时之间无法呼吸。背部被烧伤了。
「吁……吁……——好痛喔……呜——」当F型零号机的动作开始变慢后，桑德枫造出的火球就开始无情地破坏着零号机的拘束装甲。
「零号机也有左手！就不能搬运CQB（注：室内近身作战）用的武器给她吗？」
指挥所也不知该怎样对应才好，整个乱成一团。
「只要从武装区域朝地面打出一个洞的话。」冬二也急得发慌，只觉得必须想想办法。
——冷静点！关于这个使徒，惣流以前也有打倒过幼体的状态。
根据作战纪录……「对了，冷却剂！水！消防栓呢！」
冬二大声嚷嚷起来，但回过头来的青叶却一脸很抱歉的样子说道。
「最近的是在两层楼上面，沿着搬运轨道的消防设备就是仅有的了，不过由于排水困难等因素，就只有泡沫式或二氧化碳式的灭火器。」
零号机不停地被动作迅速的桑德枫玩弄着。
「明明打中一发就结束了！」
不知是使徒的影响，还是引来了地下深处的蒸气，周遭温度不断上升，让机能开始开始失灵。距离耐热极限还有多久啊。
「好痛……好痛……好想吃冰喔……」
以遥测观看战况的指挥所也急得有如热锅上的蚂蚁。
零号机不断累积的机体损伤。最令人在意的是，损伤与疲劳开始集中在左脚部上。要是左脚损毁，F型零号机就会澈底失去机动力。
——这可不妙啊……！
就算下令撤退，对手的速度很快，三两下就会被追上了。
「希丝！注意不要让对手绕到左侧！枪口没办法朝向那边！」
尽管冬二朝她喊着，但这根本算不上战略。就没有其他更好的建议吗！他用力握紧拳头。
——该死！事情会变成这样，全都怪自己没有好好听希丝说话，就因为自己有妹妹，所以总觉得自己也很习惯应付小孩子——
「这边地下现在变得怎样了？」冬月突然问道。
「不……不像以前分得那么细，大概就是地上阶层跟到地下两层为止。三层以下是封锁区域，第五层是旧Geofront的地盘。」
「就连地下第三层也……啊，因为外围部分是使用以前的地下搬运通道啊，也就是第二层以下基本上是无人地带呢。」
这位教授都这种时候了还在说什么……——啊——
关于自己想到……不对，是在诱导之下灵机一动的作战，冬二一时之间说不出话来。
「虽然善后处理会很辛苦，但也能认为这是新的日常景象，就这样撒手不管。」
——喂，老头！
『呀！』左脚终于还是断了！万事休矣——
冬二朝踉跄倒下的F型零号机里的希丝大喊：
「希丝！打穿南南西侧的墙壁！尽量避开柱子——基础结构的骨架，用最大输出发射！」
虽然断路器立刻切断左脚的感觉反馈，剧痛也依旧留在脑中，让希丝几乎就要嚎啕大哭，但是被冬二的气势压倒，把眼泪吞了回去。
她强忍着疼痛闭上一只眼，将瞄准器对准所指示的方向，释放出完成充电的最大输出。
——叽啪！粉尘猛烈扬起，将玻璃碎片以隧道状撒出的复杂相位光往南奔驰，推出耀眼的重粒子弹体。
——叽叽！
从地底贯穿到地面上的冲击震动，让第三新东京市全部的人都感受到了。
桑德枫不理会偏离自己的子弹去向，朝着终于倒下的零号机猛扑过去。就在这时。
涌入地底的汹涌大浪从侧面把桑德枫冲走了。
陆自的机动兵器AKASIMA里，被装备背带五花大绑的远藤（这是正式的搭乘姿势，所以他也没办法）注意到以外部观测组件看到的芦之湖，情况不太对劲。
——他忍不住摘下墨镜。湖面北侧泛起漩涡了。
「喂喂喂喂——他们在搞什么啊？」
芦之湖的湖水猛烈灌进旧Geofront里，冲走里头的一切事物，然后淹没过去。
过去在NERV总部战中，将多架SEELE的量产型EVA击毙的性能毫无虚假，F型零号机的天使脊柱一炮打穿火山地层，开出一道直通芦之湖底的坑洞。
使徒幼体桑德枫吸收不了涌入地下空间的湖水带来的温度差，再度于蒸气爆发之中粉碎殆尽。
当他们将休眠状态的F型零号机从地下水中打捞上来，用抄网捞起三台N型机器人时，旧Geofront已被大量的湖水澈底淹没，在NERV JPN与第三新东京的地底下形成一个巨大地底湖。
就在芦之湖的水量大幅减少，到处都能看到湖底的那一天，天空碎裂了。
据说有大范围的海啸自南太平洋北上。