罪终罚始达哉、莉莎、荣吉和舞耶等人，利用召唤PERSONA的力量，在一个可以把传言变为事实的地方「珠闲留市」，调查传言中JOKER的事件时，发现与JOKER有关的神秘组织「田面党」的阴谋，可是最终仍未能破坏他们的计划。最后在菲利文（フィレモン）的「意识与无意识之间」，舞耶更被「神圣之枪」贯穿了心脏，廷续前世仍未流完之血。虽然莉莎等人用尽所有方法，也不能令舞耶的伤口回复过来，只能眼看她流血不止死去。这时敌人的力量强大得无法消灭，于是菲利文利用了最后的方法。他送达哉等人回到过去未曾相识的时候，除了能把舞耶救活之外，还可以把敌人回到之前的状态，可是大家的记忆会因此被封闭。当众在车站前相遇时，互相也认不到对方。不过当舞耶和达哉因相撞而对望时，都有着似曾相识的感觉。「罪」的部份便这样完结了。
第一章七姊妹学园杀人事件
周防达哉自从在车站和舞耶相遇后，他被封闭了的记忆，忽然好像电影般在重现在他的脑子里。他走到曾经被火烧过的寺庙前，为了之前的记忆而事感到烦恼，他最后决定要偿还以前作过的罪。在另一边的某所会议室中，一班人正在进行一些宗教仪式。其中一位好像首领的谜之老人站在祭坛之前开始进行所谓「言灵之仪」。在这些人当中，有些人的衣服很像警察的制服，不知是否和警察有关。「天野舞耶」是「罚」的主角，她刚完成采访的工作后，回到Crystal杂志社的办公室。她在自己的桌面上收到一张字条，上面字着「下次便轮到你，JOKER」。舞耶还未有时间去想字条的内容，己经被水野总编辑叫了入房。不知水野总编辑是否针对舞耶，除了把她的请假申请取消外，还把她的拍挡雪野薰调派到其他工作，并且要她单独负责「JOKER猎奇杀人事件」的采访工作。舞耶和水野总编辑对话完后，便会自动和雪野薰对话。跟着只要和所有职员对一次话后，再找薰对话一次，舞耶便可以乘电梯到大堂找她的好友──丽。丽知道舞耶需要工作而不能付约后十分失望。她立即陪同舞耶到七姊妹学园做采访工作，希望能尽早完成，然后再一起去相亲派对。
到了七姊妹学园后，在教员室遇上两位调查的警察，他们怀疑一位学生和JOKER杀人事件有关。其中的一位警察就是周防达哉的兄长──周防克哉，牙子老师便问他有关达哉的事情，原来最近达哉没有回家也没有返学。两位警察离开教员室后，舞耶他们便和牙子老师相谈，原来牙子老师曾经是薰在「圣艾露美学园」的班主任。牙子老师希望舞耶等人在采访期间，不要太过刺激学生的情绪，免得校园产生混乱。当舞耶和丽两人走进校园1F的中庭时，遇上这所「七姊妹学园」的反谷校长。他正在欺负被警方怀的学生吉村杏奈，由于她以前经常和问题学生周防达哉一起，校长便向她说一些难听的说话后便离开。舞耶和丽问杏奈为什么不反抗，可是当她知道舞耶是杂志记者后，留下一句「杀了他」便离开中庭。因为舞耶他们有事需要问清楚反谷校长，所以便和丽一起到了校长室。当她们进入校长室时，S被恐怖情景吓倒。她们发现反谷校长染满鲜血的尸体倒在校长室之内，同一时间克哉也到达现场，他观察了尸体后便判断和JOKER有关。这时在门口出现了杏奈的身影，丽立即怀疑校长是她所杀，不过她说和她没有关系便急忙逃走。克哉见状立即出去追她，舞耶和丽也跟着出去。三人追到走廊的时候，忽然有一只魔兽出现阻截她们，接着背后有个用纸袋蒙面的男人走出，并来声称自己是JOKER。那男人召唤恶魔向三人攻击，目的是要迫使舞耶发动PERSONA，并叫她记起以前的事。克哉立即以嫌疑犯501号的名义拘捕它，可是S被JOKER召唤的恶魔攻击。这时三人内心的PERSONA忽然发动起来，并且把那恶魔消灭。JOKER为了要舞耶记忆起过去的事情，于是便亲自攻击她们，三人便立即晕倒。
当三人回醒来后，发现自己身处一个奇怪的地方，眼前有位自称菲利文的人，就是他把三人送来这个「意识和无意识之间」。菲利文向三人解释有关PERSONA的事情之后，说有一件事情要拜托她们。可是看来气弱游丝的菲利文，还未解释清楚事件后已经消失了。三人回复意识后已经返回了七姊妹学园，克哉立即致电回警署要求派人前来协助。克哉向牙子老师说明校长被杀之事后，并要求她协助把学园封锁后，跟着三人便继续去找JOKER。
三人走到3F的中间时，克哉感应到JOKER在4F。但由于4F的钟楼被锁着的关系，舞耶等人要回到教员室取钟楼的锁匙。从草加老师那里取到锁匙的三人，走到4F进入了钟楼之后，看到刚才的JOKER正在向杏奈追迫。克哉见状便喝令JOKER停手，JOKER召唤了三只恶魔对付舞耶她们，一只艾普莎（エンプ`サ）和二只亚比普（アペプ）。要留意艾普莎会使用回复魔法，要集中力量收拾它后，再消灭二只亚比普，只要用舞耶的PERSONA作回复，其馀二人作集中攻击便可。
舞耶她们打倒那些恶魔后，再次被JOKER的魔法攻击打晕。舞耶在朦胧中听到一些打斗的声音，醒来眼前出现了一个月前在车站遇上的de'ja'vu少年。那少年把七姊妹学园的校章交给舞耶，叫她拿着校章到青叶区的葛叶侦探事务所，把「拿着这个校章的话，被JOKER袭击也会安全无事」的传言散播开去。他在克哉和丽醒来之前离开，不过在离开之前，他叫舞耶把所有的事也忘记。当警察到了现场后，岛津管理官便向克哉查询有关的事情，克哉讲述所有事情后，岛津他们非但不相信克哉，还怀疑他的办事能力，叫他到温泉休息一下。克哉当然不理会他们，并且与舞耶和丽一起继续行动。
第二章神秘的协力者
舞耶等人按照着那少年的说话，带着校章去到青叶区的葛叶侦察探事务所，要求把那传言散播开去。可是轰社长说没有这样的服务，不过记得曾经有人客问过有没有把JOKER的传言散播开去。舞耶等人把所有事情告诉轰所长后，为了正实传言是否会变成事实，他便接受了这项服务。舞耶只要和轰所长对话，便可以选择散播不同内容的传言。侦探社门口的招财猫会叫舞耶捐钱，如果不损的话它会说你小气。侦探社的小环想起了之前问有关传言的客人，曾经用过INTERNET去寻找JOKER的传言。舞耶等人便尝试到那客人到过的「报夏」网页搜查，看到网页的主人PAOFU（パオフゥ）留言给拉比度（ラビット），如果要JOKER的消息便去W．SLASH找那店员。舞耶等人便听从指示去W．SLASH，那个店员叫她们使用红色的那部电脑。舞耶等人想再联络PAOFU时，忽然感应到PERSONA的反应。原来坐在她们对面的男人便是PAOFU，他叫舞耶等人跟他到PARABELLUM相谈。
PAOFU是位盗听猎人，他把传言收集回来后放在自己经营的网页上。舞耶把之前发生过的事告诉PAOFU之后，克哉便要求PAOFU也讲出真相。JOKER的传言之所以会在整个珠闲留市散播着，主要是因为那传言在某电视台公布后才会这样，而且JOKER好像和现任的外相「须藤龙藏」有关，因此PAOFU便对JOKER产生兴趣。克哉对他的盗听行为感到反感，但PAOFUS说须藤并不是好人。好像须藤的儿子原是十年前，一宗连续放火事件的疑凶，在须藤龙藏的包庇下，事件至今仍未能得到解决。PAOFU说如果留在舞耶的身边，相信会遇上向她攻击的JOKER。但是丽和克哉仍未相信传言会成为事实，于是PAOFU做了一个实验，他致电到轰社长那里，叫他把「PARABELLUM会有武器出售」的传言散播出去。不久，PARABELLUM的MASTER便拿了些武器出来，这样PARABELLUM也成为了武器屋。虽然克哉叫舞耶考虑自身的安危才决定，但PAOFUS以可能会再遇de'ja'vu而说服她。最后舞耶亲自烧掉了七姊妹的校章，来表示自己的决定，令到JOKER可以再次接近她。PAOFU知道了须藤龙藏的儿子──龙也在蜗牛山的森本病院里，不过在前往蜗牛山之前，他先要带舞耶等人去VELVETROOM（ベルべッとル`ム），她们可以在那里召唤不同的PERSONA帮忙，但是必须要有足够数量的塔罗牌（タロットカ`ド）和LEVEL，和伊高鲁(イゴ`ル)对话便可以进行召唤。召唤出来的PERSONA会变成PERSONACARD（ペルソナカ`ド），舞耶等人要降魔（装备）后才可以在战斗中使用PERSONA。另外在任何时候也可以转换PERSONACARD，不过最多可以拥有24张不同的PERSONACARD。如果想把低LEVEL的PERSONACARD换走的话，可以来到VELVETROOM归还不想要的PERSONA。
舞耶等人离开VELVETROOM后，除了可以在不同的商店购买装备和道具外，还可以在食店吃东西（可增加能力值或回复），还有不要忘记听取不同的传言。四人做好准备后便前往蜗牛山的森本病院，可是在通道前被一名警员阻止，说前面因为有意外而不能进入，众人感到十分奇怪。克哉知道除了这条通道可以前往森林病院外，还可以穿过蜗牛山直达森林病院。由于蜗牛山在夜晚光线不足，再加上树林会阻碍视线，因此会很容易迷路，一定要清楚自己在地图的正确位置。另外，因为树林中充满了会使人产生「猛毒」、「睡眠」和「凭依」（附体）状况的恶魔，所以舞耶等人在进入蜗牛山之前，要有充足的道具用作回复，否则很弱的恶魔也赢不了。要留意在树林中会有一处供奉的地方，在旁边的木板记载着周防辰之进和黑田纯之介的事迹，不知道和故事有什么关系。
第三章森本病院的恶魔
四人通过了蜗牛山的树林到达森本病院的门口，进去后众人被一幕恐怖的场面吓坏。有两个满身鲜血的尸体躺在地上，是两个台湾MAFIA的人，MAFIA是美国最大黑帮组织。克哉认为事件可能和外国人有关，不过首先要找到这里的须藤龙也。进入了森本病院之后，会发现这里也有VELVETROOM和回复之泉，因此这里便是舞耶等人收集塔罗牌和储经验值的好地方，收集了足够的塔罗牌便可以召唤更强的PERSONA帮手。在这版图出现的恶魔中以莫．索保（モ`．ショボ`）和冈卡度利斯（コカトリス）一定要留意，前者会使用自爆的魔法，之后还会凭依在其中一人的身上。后者如果是复数出现的话，它的全体攻击魔法能把舞耶她们全灭，因此先发制人的战术和擅用合体魔法是取胜的关键。
当克哉来到3F的303号病房时，看到须藤龙也的名字，于是舞耶等人便进入病房找他，可是发现房间空无一人。房间的地版和墙壁写满了很多的东西，克哉发现墙上贴了所有在JOKER杀人事件中受害者的相片。另外还有一首「玛尔亚（マイア）的宣言」之诗，不过众人也是不明白诗中的含意。就在这个时候，舞耶的心口突然感到很痛苦而跪在地上，丽便急忙上前慰问她。原来舞耶自从在车站前遇上de'ja'vu少年之后，她不时心脏也很痛苦和不适。待她回复过来后，众人便继续找寻须藤龙也的踪影。经过3F右边走廊的尽头时，克哉们感觉到JOKER的反应，四人便上去4F查看。在进入院长室之前，舞耶等人必须提升了若干的LEVEL，同时也要召唤一些更高LEVEL的PERSONA使用。最好是一些对火魔法有较强耐性的PERSONA，还有可以使用全体回复HP魔法的PERSONA也很重要。舞耶等人进入院长室之后，看到所有职员的死状，和门口那些台湾人一样，尸体也是全身染满鲜血。这时看到一个满头白发的男人，他手上有把染满鲜血的剑，身旁还有一只魔兽守候着。这个男人就是须藤龙也，克哉看见房间的状况便判定是他的所为，并且声称要拘捕他。龙也不理会克哉的说话，只是问舞耶有没有记起以前的事，叫她把那些记忆回复过来。PAOFU问他为何在十年前会有能力干出那些连续放火事件出来，龙也回答是言灵给他的力量，是「那家伙」用电波教他的。这时龙也发现外面有「那家伙」的同党，PAOFU便到窗边查看，他发现病院的大门口有一架车和三个人。其中他们的首领面上有一条很长的伤疤。PAOFU看见那人后便面色一沉，而且一声不响便走出院长室，丽和克哉不断叫他也没有理会。
龙也叫舞耶等人如果想知道真相的话，便去港南区的「空之科学馆」找他，但是要平安离开这里才可以，说罢便使用魔法离开森本病院。那只一直躺在须藤龙也身旁的魔兽终于起来，并且向三人发动攻击。这只BOSS魔兽名叫希露哈度（ヘルハウンド），它除了会使用火炎系全体攻击的魔法外，它的物理攻击同样利害。由于PAOFU走了出去院长室，因些这场战斗只有舞耶、丽和克哉三人。如果舞耶在进入院长室之前，曾经召唤了一些对火炎属性的耐力较强的PERSONA的话，众人便要降魔那些PERSONA。要用一个人负责使用回复HP，另外两人合力使用合体魔法对付魔兽，但不要使用火炎系的魔法攻击。如果舞耶等人还是使用初期的PERSONA，战况便会很危险。
克哉三人把那魔兽打倒之后，便立即走到病院外找PAOFU。在病院大门看不见之前那三个神秘人的踪影，只见到PAOFU站在那里。由于PAOFU的离队，令到三人陷入苦战之中，因此克哉和丽也同时向PAOFU质问。不过PAOFU并没有讲出在停车场发生的事，看来PAOFU的身份并不是那么简单。这时克哉说要尽快赶去空之科学馆，因为他不能就这样放过须藤龙也那家伙。于是众人把装备和道具整理好后，便赶往空之科学馆去。
第四章空之科学馆的火灾
按照须藤龙也的说话，舞耶等人来到了港南区东南面的空之科学馆。这所空之科学馆的展品全部也和航空有关，一些古旧的飞机也在会场内展览。不过最特别的是摆放在空之科学馆天台的飞船，只供展览而不能飞行。当舞耶她们进入馆内时，看到一群正在参观的小学生，馆内除了小学生之外，还有一位高中生。那位高中生看见舞耶后，他走上前问舞耶是否曾经见过面，原来当日遇上de'ja'vu少年时，这位叫淳的高中生也在场。正当他们说话的时候，展览厅的墙边突然起火，而且火势蔓延的速度很快，同时舞耶等人听到一把可怕的声音，声音的主人便是须藤龙也。他再次叫舞耶赶快记起以前的事，成为他们的自己人。这时克哉等人便吩咐淳把小学生带到天台较为安全的地方，他们四人要周围搜索有没有其他小孩。
由这时候开始，舞耶他们要在30分钟内，把空之科学馆内所有的小孩救出，并且要成功逃到天台之上。除了F1之外，舞耶她们必须把每层的小学生救出后，才可以继续前进。如果未曾把在2F的小学生救出，四人经过大堂高座的通道时，也会捷返原地，直至救出小学生，才可以通过那里。另外在3F和4F之间，淳会在通往上层的楼梯口挡着，并且告诉舞耶还有多少群的小学生未被救出。在3F往上层的楼梯前，会有回复之泉可供舞耶等人使用。当她们到达4F时，会再次听到须藤龙也的声音，之后4F便会充满恶魔。舞耶等人遇上恶魔的时候，无论会进行对话或战斗，限定的时间仍然会继续减少。因此无谓的战斗可免则免，可以利用逃走去避免战斗和交谈。如果时间充足的话，便可以取走所有宝物，相反便不要勉强。因为在这版中是不能储存进度的，如果死掉或不够时间的话，便要重新再开始过。
几经辛苦终于到达天台，这时再次看到七姊妹学园出现过的de'ja'vu少年，他正在和须藤龙也对峙着。须藤用剑胁持着淳，还叫他快些记起以前的事。他把一支康乃馨交给淳，告诉他原本才是和JOKER互相对应的。de'ja'vu少年要求须藤放开淳，还说他已经和这件事没有关系。这时舞耶等人来到，舞耶称呼那少年为de'javu，克哉才知道舞耶一直找寻的de'java少年，便是自己的弟弟达哉。须藤龙也看到舞耶也出现，决定要把以前的一幕重现在舞耶面前。他把众人的踏足地破坏，达哉便差点掉了下去，幸好舞耶把它捉实。舞耶没有因为这一幕重现而回复记忆，令到须藤大怒起来，于是便放开胁持着的淳，走到舞耶面前举剑杀她。就在千钧一发的情况下，淳情急地把龙也推下洞内，救了舞耶一命，但因此他表现得很激动。被救回的达哉上前安慰淳，不过因为达哉知道自己的名字而感到奇怪，这时PAOFU提醒众人要想办法离开火场。
达哉叫众人跟他进入展览用的飞船之内，他要利用传言令到飞船可以使用。结果飞船真的起飞来，它离开了火灾的空之科学馆，向着海的方向飞去。众人脱险后问达哉，为什么会懂得驾驶飞船，它解释已经看过一次，说着达哉便把控作的重任交给淳。突然间整个驾驶仓发生很大的震荡，达哉便跑出去看看情况，众人也跟着他前去。在驾驶仓外，被淳推下楼的须藤龙也仍未死去，只是右边面严重受伤，弄至血流披面。他在极度痛苦和愤怒之下，召唤了两只积斯（シャックス）和两只美罗达劳斯（ミノタウロス）出来一起攻击舞耶等人。对付它们最好的次序是积斯、美罗达劳斯，最后才是须藤龙也。积斯会以魔法攻击众人，而且水系攻击无效，不过对飞具，火炎和地变系攻击较弱。美罗达劳斯会以物理攻击众人，用物理攻击它只会扣很少HP，要集中用魔法对付。把四只恶魔打倒之后，便要对付须藤龙也。他会吸收火炎系的攻击，因此不能向他发动火炎系魔法。如果达哉的PERSONA阿波罗（アポロ），可以在战斗RANKUP的话，便可以使用另一招强大的物理攻击。另外的四人之中，起码要有一至两个人负责回复的工作，其馀的人便以合体魔法攻击须藤龙也。要留意JOKER有一招会借用其中一个同伴发动攻击，之后那同伴的战斗行动会变成「攻击」，玩者有需要重新设定他们的行动。打倒须藤龙也之后，他说JOKER不会这样便消失，只要有合适的人便会附在他的身上重生。
消灭了须藤龙也之后，淳便急忙从驾驶仓跑出来，说飞船因为刚才的爆炸而渐渐向下沉。达哉一言不发走到机仓的门口，发动PERSONA把仓门打开。克哉正想上问他打算怎样时，便被他一脚踢了下去，跟着回头叫众人跳机逃生。当轮到淳的时候，淳把他的打火机送了给达哉，达哉感谢之馀，也因没有东西送给他而道歉，说摆便把淳推了下去。到最后轮到舞耶，达哉再次向她叮嘱，把以前的事情忘记，做回一个普通的女孩。当把众人也推到海里之后，但达哉还未能及时逃离飞船，飞船便撞向海面，冲击的力量连码头停泊的游艇也感觉得到，整架飞船更一分为二并且燃烧起来。
舞耶等人平安回到岸边，克哉四处找达哉的踪影，PAOFU说他可能被冲到其他海岸。丽以为JOKER已经死了，她可以做回一个普通的女性，但PAOFU却告诉她JOKER的事情仍未解决，仍未知道须藤龙藏的真正目的。克哉同意PAOFU的说话，于是便致电回警署报告。这时PAOFU笑它仍未了解事情的复杂，即使通知了上级仍是没有任何用处，如果不信的话便回去警署看看。克哉听了PAOFU的说话后，虽然明白他的意思，但仍警告PAOFU如果阻碍警察的话，在捉到须藤龙藏之前，会先把他捉到监牢里，说完便独自回去警署。丽见状也决定了不再插手这件事情回去，还劝舞耶也不要再调查落去，跟着也便独自回去。PAOFU问舞耶是否停止调查事件，舞耶却坚持继续进行。PAOFU便叫舞耶回自己的公司先，他稍后会去和她会合。
第五章被JOKER附身
舞耶独自返回出版社后，接代处的职员告诉她水野总编辑找她，而且语气很不友善，舞耶便第一时间找她。进入总编辑房间时，看到水野和称为云罗千鹤（ワンロン千鹤）的美人占卜师相谈，水野总编辑便质问为何不能联络舞耶。千鹤看到舞耶的面相，便主动要求和她占卜。千鹤说她觉得自己不是自己，最近为了比自己年轻的男子烦恼，还说了一些前世今生的奇怪说话后便离开，水野总编辑叫舞耶尽快把采访的报告书交给她。在办公室内的同事围着电视，观看节目中云罗千鹤为JOKER的事件作出占卜。她指出JOKER称为「女娲」，利用人心的罪和嫉妒等邪气支配的人，只要曾经利用「女娲」咀咒别人的人，便有机会成为JOKER。在同一时间，正在盗听须藤龙藏电话的PAOFU，听到他和不知名的人说话，内容是要求须藤龙藏帮他，把那阻碍他们计划的神秘少年消灭。
镜头回到港南警署的署长室，岛津管理官接听完神秘的电话之后，克哉便拍敲门进入。他把经过的事情说了出来，可是岛津否定克哉的说话，还说森本病院因为发生气体爆炸引起火灾，所以病院内的所有人也被烧死，另外飞船意外事件也正在调查中。富田署长命令克哉不要防碍调查，他终于感到事情的复杂，于是便离开了署长的房间。这时在署长房间的客人，带着轻视岛津他们的语气，赞扬克哉的骨气。这位客人原来是在森本病院前，面上带有疤痕的神秘人。岛津他们利用手提电话的纪录，找出曾经召唤过JOKER的名单交给那个神秘人，叫他一个也不能放过，神秘人在名单中看到芹□的名字。
丽回到GOLD健身中心，继续进行拳击练习，她心中不断说和JOKER没有关系。这时有数位学员在谈论千鹤在节目中，关于JOKER定义的解释。镜头回到舞耶的办公室，电视报导了森本病院火灾的消息，舞耶觉得十分惊讶，于是便出去找克哉他们。当舞耶乘电梯落到大堂时，PAOFU已经在那里等她。舞耶把伪做新闻告诉PAOFU，他推断因为须藤龙藏要消灭所有证据，所以才要伪做新闻。二人决定首先和克哉会合，于是便去了港南警署。克哉把警方的状况告诉舞耶他们，舞耶也感到很意外。克哉因为受害者不断增加而感到难过，这时舞耶的手提电话响起，丽叫舞耶在她变化前尽快逃走。克哉和PAOFU应为她已经中了JOKER的咀咒。这时舞耶忽然记起了一幕，原来丽以前被一名叫牧村洋一的人骗婚，那人骗走她所有金钱后离开她，她可能会利用JOKER向他报仇。舞耶把那记忆告诉克哉他们，克哉要在丽仍未犯罪前阻止她，于是三人决定把那个骗子找出来。PAOFU叫她们先去平田区的「赤提田」，取得寻人的传言。
舞耶等人去到平田区的龟屋横巷（カメヤ横丁），在那里找到赤提田，从老版娘说话得知，那骗子最近经常在青叶区的PARABELLUM出现，于是众人便去那里找那骗子。当她们到了PARABELLUM后，看到那骗子正在欺骗一名年青女子，还说谎自己是研究院的副院长，用甜言蜜语借那女子300万。看不过眼的克哉，便走上前表露刑警的身份，问他是否曾经欺骗田田丽。那人当然不会承认，克哉和PAOFU便做戏吓他，说丽会利用JOKER杀死真正的骗婚者，那骗子因为怕死的关系而承认，结果拆穿了他欺骗女子的计划。之后舞耶他们便带着他去梦崎区的GOLD找丽。当众人进入GOLD的大堂时，发现有很多职员在聚在一起，好像发生了什么大事。有位女职员告诉舞耶，有位女学员突然变得很奇怪，把拳击室内的人赶了出去，并且锁了自己在室内。原本是有配备锁匙的，不过持有那锁匙的职员不知去了那里。克哉向那职员表示和丽是认识的，叫她把丽交给他们处理。在GOLD出现的恶魔中，有LEVEL很高的恶魔出现。在前章须藤龙也召唤的积斯和美罗达劳斯也会出现，但最利害是22LEVEL的化斯度（ファウスト）。如果舞耶他们和PERSONA的LEVEL不够高的话，尽量避免和它战斗。
舞耶到了3F的女性STAFFROOM，会遇上一个变态男职员。他躲藏在LOCKER的后面，真不知道他想做什么。舞耶答应不会把那男职员告发，不过条例是要他交出拳击室的锁匙。舞耶取得锁匙后便赶去拳击室救丽，众人看到丽伏在地上，克哉便说已经把欺骗她的人带来，并且将会用法律惩戒他，劝她不要做傻事。这时丽反而问舞耶在不在，如果舞耶回答「我在，丽！」（私はここよ，うらら！）的话，当走近丽身边时，丽便会攻击她，并且露出JOKER丽的面孔。众人见状也感到惊讶，丽的身躯已经被JOKER附身。这时成长了的JOKERPERSONA发动，众人唯有和它一战。要留意JOKER丽会使用风系的魔法攻击，而且和须藤龙也一样，会使用附身的魔法。最少用一个人负责全体回复的工作，其馀两人以合体魔法攻击，最好降魔一些风魔法无效的PERSONA。
打倒JOKER丽之后，丽便回复少许意识。于是丽便向舞耶道歉，她竟然中了舞耶敌人的咀咒，并且向舞耶作出攻击。这时牧村在旁煸风点火，叫众人杀了这女鬼。克哉听后走到他的面前，用手紧握他的喉咙，不过他仍在狡辩，舞耶便叫克哉放手。PAOFU见状便说出他的想法，只要丽一死，警察便没有证人指证他。这时连冷静的PAOFU也上前打了他一记，不过丽要求克哉他们放过他，牧村便夹着尾巴逃走。这时丽终于不支晕倒，克哉便叫舞耶送她去医院，不过PAOFU解释她是因为PERSONA的关系而晕倒，所以送她去医院也不会有帮助，要送她去VELVETROOM把JOKERPERSONA归还才会复原。在VELVETROOM清醒过来的丽，再次向舞耶道歉，还问她会否原谅自己。舞耶答应原谅她后，手提电话便响起来，原来是吉村杏奈致电来，通知舞耶她的朋友法子（ノリコ）变成JOKER的消息，希望舞耶可以尽快赶来梦崎区的ZODISC（ゾディアック）拯救法子，她会在那里等舞耶。
第六章台湾的MAFIA
舞耶等人去了梦崎区的ZODISC（ゾディアック），进入了内部的DISCO便找到杏奈。杏奈以前和达哉经常也会来这里，克哉问杏奈在达哉失踪之前，有没有说过一些特别的话。杏奈记起他在失踪之前，说过什么要赎罪的说话。PAOFU问这里谁是老板，杏奈说好像最近有一些台湾来的MAFIA接管了这里，一些诱拐集团的人经常在这里出入，有些人还说着中国语言。丽请杏奈放心把法子和达哉交给她们，她们会拯救达哉和法子的。他们通过DISCO进入建筑物的内部，这里除了会出现前章的恶魔之外，还会有一些MAFIA的人出现。和他们对话并不能契约或取得塔罗牌，因此可以藉此机会储经验值提升舞耶和PERSONA的LEVEL。不过要留意他们的物理攻击非常强，最好使用一些物理攻击无效的PERSONA，这样便可以轻松地储经验值。到了3F右手边的秘密赌场门外时，会有人问舞耶暗语才可进入，她们只好再去探取正确的暗语。舞耶等人走到3F的另一边的房间，进入后PAOFU会叫众人在门口等他，他和MAFIA的人用中文对话、「你坦白吧…我生气了」、「干什么！？不行！」等，之后便发出枪声。克哉他们立即进去看看，只见两个MAFIA的人躺了在地上。PAOFU并没有杀死他们，他们告诉PAOFU真正的暗语是「Panther」。不过PAOFU的行为再次令到克哉不满，两人便争吵起来，丽见状便劝二人尽快赶去秘密赌场救法子。
舞耶他们再次去到秘密赌场门口，把暗语道出后门便被打开。进入赌场后克哉看到曾经在署长房间出现过的客人──面上有很长疤痕的男人。PAOFU看见他后面色变得凝重，一声不响便走向那男人的位置。但被那男人身边的手下上前阻止，并且用中文问PAOFU是谁，那男人也用中文叫他的手下让PAOFU等人过去。克哉问PAOFU那男人是谁，这人的名字是云豹，是个卑鄙的杀手。克哉惊讶为什么署长会和这杀手有关系。但云豹却叫克哉拘捕PAOFU，说PAOFU在台湾杀了他25个人，他才杀了一个日本人，这样对他并不公平。PAOFU并没有理会他的狡辩，直接了当问他须藤龙藏的企图。云豹继续在狡辩，他说自己是协助警察和新日本政府的人，是JOKER猎人，同时也是台日的亲善大使。克哉也发怒地问法子到底在那里，云豹便叫人把法子带出来。当舞耶和丽上前察看法子时，云豹便叫法子攻击众人。神情呆滞的法子突然发动JOKERPERSONA，而且今次比上次又再进化成长了。要打倒JOKER法子，首先一定要消灭两个流氓（リュウマン）。千万不能少看这两个流氓的攻击力，虽然他们不懂使用魔法，可是枪击的物理攻击很强。另外这次JOKER的攻击属性是水和冰结，还有专用的附身魔法。要对付它们，最好准备好两种PERSONA，第一种是物理防御力强的PERSONA，在消灭两个流氓前使用。第二种是水系和冰结系防御力强的PERSONA，当JOKER在后段时会不断放出水和冰结系的魔法，只要到时换了这些PERSONA后便不用害怕它的魔法攻击。把JOKER打倒之后，发现云豹等人已经逃离现场。克哉第一时间问PAOFU所讲是否属实，PAOFU没有否认但也不承认，克哉他们觉得PAOFU的身份越来越神秘。这时丽叫两人暂停争吵，赶快把法子送去VALVETROOM救治。在VALVETROOM回复过来的法子，杏奈问克哉是否要把法子拘捕。克哉以现时证据不成立为理由，不打算把法子拘捕，不过要杏奈负责的监管她，杏奈连忙向克哉道谢。克哉觉得要把真正的主谋捉到才是最重要，政府、警察和外国的MAFIA组织，一切的谜仍未解决前，他绝对不会放弃的。正当丽觉得克哉十分温柔和坚强的时候，克哉的手提电话响起。有一把男人声音找克哉，叫他如果想要有关JOKER消息的话，便在约定的时间去到青叶区的青叶公园找他。克哉问他到底是谁是，他称自己为SNEAK（スニ`ク），还问克哉记不记得他。克哉收线后便问众人的意见，不过在没有线索的情况下，各人也认为要去试一试，于是众人便起程到青叶公园去。
SUBSTAGE春日山高校
在平田区的春日山高校，有「渣滓学校」（カス校）的别称。玩者到了这可以自由进入这所学校之内，不过这里并没有特别的EVENT发生，只是在天台和B1才会有学生出现。玩者可以在这里储金钱和经验值等，但要留意由B1到4F的地方，出现恶魔的LEVEL很低，对话成功后所给的塔罗牌数量很少，打倒它们得到的金钱与LEVEL也不多。如果玩者要遇到更高更强的恶魔，玩者可以到B1特别入口的防空洞。内里有很大的版画和LEVEL较强的恶魔，但在防空洞内是没有自动绘画地图系统，因此玩者要小心迷路。
第七章新世塾
克哉收到神秘电话之后，便和舞耶等人去了青叶公园的休憩所。约定时间到了后，一位身穿大褛的男子走进休憩所，坐在达哉背后的长凳之上。他对克哉他们说，由于现在没有时间，因此不能以真面目见他们。正如舞耶她们所知，警方和MAFIA也是由须藤龙藏背后的神秘组织所控制。但除此之外，还有传媒和很多举足轻重的企业等，也和这个称为「新世塾」的神秘组织有关。克哉问他新世塾和须藤到底有何企图，可是SNEAK不知从何说起。克哉要返回警署找署长和岛津，S被SNEAK阻止。还说如果他们冲动的话，只会步克哉父亲的后尘。克哉惊讶他为何会知道他父亲的事时，SNEAK解释新世塾现在仍轻视他们，他们要掌握须藤的犯罪证据才可以行动。另外除了克哉他们调查须藤之外，还有人在调查新世塾。SNEAK叫克哉尽快和他们合作，他把对方的两张相片留下便匆匆离开。PAOFU看过两张盗摄的相片后，便怀疑SNAEK的可信程度。不过克哉的直觉告诉他，这人好像在偿还自己的罪行。由于只有两张相片，舞耶等人不知什样联络对方，于是丽便提议到青叶区的葛叶侦探事务所，利用传言把他们找出来。
众人到了葛叶侦探事务所，由于他们不知到怎样散播传言，才可以把那一男一女找出来。丽这时提议把「掌握事件情报的男或女，会在PARABELLUM酒吧出现」的传言散布出去，因为他们看过相片，所以便可以认出他们。PAOFU说这样会把很多传媒引来，可是在没有办法之下，舞耶他们唯有一试，但PAOFUS有不祥的预感。游戏这里出现了很大的分支，在选择把丽提议的传言散播开去时，需要选择男或女的。如果玩者选择了男的话，南田圭便会成为同伴，如果玩者选择女的话，桐岛英理子便会成为同伴。两个分支的版图和故事也有少许分别，玩者要好好考虑后才选择用谁。
第八章新的协力者
舞耶拜托了轰社长把传言散播出去之后，一行人便赶去目的地PARABELLUM，等待那位目标人物出现。由于这传言会引来很多传媒的关系，因此舞耶等人便会兵分两路，丽和PAOFU在酒吧内阻碍传媒，舞耶和克哉会在酒吧对面的行人路等他（她）出现。PARABELLUM内果然有很多传媒的出现，当中还包括舞耶的上司水野总编辑。PAOFU似乎不满要他负责的工作，说应该由克哉扮演那目标男女。丽一边喝酒一边和PAOFU说一些内心的话题，可是PAOFU奇怪她为何和他说这些话。舞耶和克哉在行人路吹着寒风，克哉问她觉不觉冷。克哉始终怀疑今次的计划会否成功，目标人物会否出现？来了又如何应付等不安的问题围绕着他。舞耶叫他不要多想，以她的口头禅「LET'SPOSITIVETHINKING」安慰他，克哉以面红作出反应令舞耶捂嘴而笑，尴尬的克哉问她有什么可笑。由于克哉觉得自己经常也背负很多重担，因此便想多了。舞耶觉得只要是自己选择的决定，便不会觉得是一种负担，克哉称赞她很坚强。
就在两人对话的时候，目标人物已经出现在PARABELLUM门口。舞耶二人立即走到他（她）面前，并且告诉他（她）有关的事情。这时PARABELLUM内的水野总编辑，看到在门外舞耶的行动，便推断那人便是目标人物。PAOFU看见事情败露了，便和丽一起做戏吸引传媒的注意。丽不知是否喝醉了，还是在意PAOFU所说的台词，竟然真的殴打PAOFU，把他迫到酒吧门前。因为PAOFU阻碍了水野总编辑出外找目标人物，所以水野总编辑便与丽一起殴打PAOFU，难道这便是PAOFU的不详预感。
镜头转到了装修华丽的地方，这里正是鸣海区高级酒店PLEIADESHOUSE的房间。在场除了舞耶和克哉之外，SNEAK留下相片中的二人同时也在房间出现。一位像是管家的人吩咐下人开门给丽和PAOFU，克哉便叫他们两人坐下，但是二人看来仍为酒吧的事情生气。经过克哉的介绍后，知道相片中的男子叫南田圭，是大企业南田集团的太子。女的叫做桐岛英理子，她是现任的大学生，同时亦是模特儿界的新宠儿，很多人称她为ELLIE。他们是圣艾露美学园的同学，而且两人也懂得使用PERSONA。克哉问圭为何要调查新世塾，圭反问他们有没有听过「神田久鹰」的人，PAOFU说只知道他是须藤龙藏的秘书。圭怀疑这人的真正身份是「神取鹰久」(《女神异闻录》中的大奸角)。克哉问是否引发御影町事件的SEBEKU（セベク）公司的支社长，他应该在那次事件中失踪了。圭补充说神取在三年前企图毁灭世界，应该早已被他们打倒。PAOFU好奇地问二人，是否为了神取的影子而调查新世塾？圭当然很在意神取的生或死，不过英理子S只是为了调查流行的「望龙占卜」，偶然之下才会遇上圭。圭和英理子在听过舞耶他们的说话后，推断新世塾现在很需要JOKER的力量，圭调查到他们把一些曾经召唤过JOKER的人掳走，并且把那些人关进这酒店附近的「理学研究所」。英理子补充新世塾是利用占卜的手段，把JOKER的传言广泛地散播开去，而散播的人应该是望龙千鹤，她利用流行的望龙占卜术吸引群众的注意。
圭在这时提议兵分两路进行调查，他负责理学研究所的秘密，英理子负责到珠闲留TV调查望龙千鹤。这时如果玩者先前选择了圭的话，舞耶四人便会和圭一起去调查理学研究所。相反如果选择英理子的话，舞耶四人便会和英理子一起去珠闲留TV找望龙千鹤。决定了行动之后，一位好像圭的管家走到舞耶面前，这位叫松冈的男人以不客气的说话，表明立场不希望圭进行调查，并且说明舞耶她们的行动和南田集团无关。听罢这人的说话后，舞耶并没有理会他，而且还马上展开调查行动。
第九章（南田圭篇）
JOKER的人体实验离开酒店后的舞耶等人，来到理学研究所。不过由于守卫森严的关系，众人无法进入研究所之内。圭建议众人经由附近的「下水处理设施」进入，那里除了可以通到研究所的地下停车场之外，设施中的守卫也比较薄弱。当舞耶等人进入下水处理设施之后，圭向众人解释这里的保安系统。设施之内会分成A和B两条通道，各通道由三个部份组成。因为保安的理由，所以各部份也会设计成迷宫一样，并且每隔一定时间，便会排出大量的水来防止入侵者。因此每进入了各部份之后，必定要在10分钟内找到出口，而且不能走回之前的入口。由于这两条通道的门，也是由这里的第一和第二制御室控制，因此需要留下两个人在制御操作开关。克哉问圭为何会这么清楚这里的保安系统，圭很惭愧地说这里的一切资金，全部也是由他家族财团对须藤龙藏的政治献金，但是并不知道他的用途。PAOFU问他这样做对他有没有问题，圭说只是按自己相信的路走，PAOFU也不禁称赞他。
就在众人要决定谁留下来的时候，他们背后传来「交给我们」的声音。原来声音的主人是神取鹰久的同母异父兄弟，有「身番长」（番长的中文意思是指国中和高中不良少年的老大）之称的城户玲司，他的身后还有好友村园麻希。他们与圭和英理子也是圣艾露美学园的同学，也同样拥有使用PERSONA的能力，这次是受到英理子的拜托前来协助圭。圭把电子锁交给了二人，麻希负责第一制御室的A门，玲司负责第二制御室的B门。最后圭把对讲机交给舞耶，要开A或B门只要和制御室的二人联络便可。由于B通道上的道具比A通道多，再加上B2的路线较短，因此笔者在这里建议玩者选择B通道进入理学研究所的地下停车场。另外由于进入每个部份之后便不可以回头，因此玩者在进入每部份之前最好SAVE一次，这可以避免选择错误而从新开始。当进入每部份之后，便要在10分钟内找到出口，因此无谓的战斗和交谈也要应可免则免，尽量利用逃走来节省时间找出口和取宝物。
舞耶众人成功通过下水处理设施，到达理学研究所的地下停车场。在他们的观察之下，发现这里的守卫并不算森严，只有一个守卫在入口守着。克哉看到守卫带着机关枪而感到惊讶，圭解释这并不是他们财团雇用的人，是须藤龙藏的手下。为了不能惊动其他守卫，要不动声息收拾他，于是丽便自告奋勇要色诱那守卫，并且坐言起行走了出去。正当众人想阻止鲁莽的她时，PAOFU第一时间冲了出去，利用纯熟的弹指武器把那守卫打晕，跟着向丽揶揄一番。克哉叫她把色诱之计留待下次使用，原本已经生气的她变得更怒气冲冲。最后在舞耶的催促下，只好跟着众人进入理学研究所之内。
当众人经过警备管理室的门前，听到房内传来一些吵闹声音，于是众人便偷听发生什么事。房内有两名守卫捉到一位染了头发的高中生，如果有玩前作的玩者一定会认得这位高中生，他便是「罪」的一位同伴，是渣滓学校的「番长」三科荣吉（是笔者在「罪」中最喜欢的角色）。因为他怀疑自己的朋友杉本，被人捉到这所研究所作人体实验，所以他便来这里找人，结果因迷路而被人捉了。两位守卫正想要把荣吉交给研究员时，圭和众人便出手相助。把这两个如喽般的守卫收拾后，舞耶等人相信荣吉的朋友杉本，因为曾经召唤过JOKER，所以才会被人捉到这研究所之内。克哉叫他首先回去，把他朋友杉本的事交给他们，不过荣吉S希望舞耶可以带他一起调查，可是克哉等人并不赞成。这时刚刚脱离青少年阶段不久的圭，很明白荣吉现在的心情，并不是说回去便可以回去的，因此便提议带他一起调查。不过要荣吉答应不能防碍他们，在途中说回去便要回去，荣吉答应之后众人再继续进入研究所内部。
舞耶他们走了不久，便找到了集合人体实验受害者的地方「独房集合部屋」。众人发现有位被JOKER魔化了的受害者，其馀的人即使还未被魔化，但精神显得痴痴呆呆。荣吉一边叫着杉本的名字，一边每间房也搜索他的踪影，可是并未发现杉本本人。这时圭便拜托荣吉，叫他把所有受害者带到地下停车场的货车之上。克哉问圭打算如何，圭要把这些受害者送到自己的医院进行治疗。荣吉答应了圭后，便把杉本的事拜托舞耶他们，众人便继续在研究所进行调查。在这间理学研究所的通道上，总共会有四种不同的闸门出现，分别是A闸、B闸、LV1闸和LV2闸。A闸和B闸只要利用一些切换掣来控制，LV1闸和LV2闸必定要取得保安咭才可以通过。虽然看来很复杂，不过由于有多个切换掣在版图之内，因此玩者很简单便可以顺利通过。在B1的左上方，会有一位研究人员出现，因为他已经很厌恶自己进行的人体实验，听到圭等人正在调查有关事情，于是给了LV1SECURITYCARD给舞耶。在2F的右下角，有一位研究员也因同样理由而协助众人，把LV2SECURITYCARD交给舞耶，这样众人便可以顺利进入3F的研究室。
众人进入了研究室之后，便调查研究所的电脑。根据电脑显示的资料，当中包括了一些「JOKER和人分离的基础研究」和「控制二足步行驱动，移植人体脊髓神经报告」等报告。不过最令圭惊讶的，是一个以神取鹰久署名的「人工开发PERSONA的研究报告」，原来圭一直追查的神田久鹰，真正的身份是神取鹰久。PAOFU马上拿出手提电脑把所有的资料COPY过来，并且对众人说只要3分钟便可以完成。当PAOFU的COPY工作快要完成的时候，丽S被研究室内的某东西吸引着，并叫众人进入研究室的内部。当众人进入那房间后，众人也被眼前的景象吓一跳。在漆黑的房间内，有一部印着JOKER字样的机器，并且在众人面前打开。神秘的机器内有很多大型的玻璃试管，内里载着一些像是液体又像魔鬼的东西，闪着好像眼和口的光，还向着众人张牙舞爪。就在众人也目定口呆之际，背后传来圭很熟识的声音「你还在干着间碟的行为吗，南田君．．．？」。当众人回头一看，房间内四面的灯也开着后，一大班手恃机枪的士兵冲入来包围众人。神耶鹰久站在高层的通道之上，身边还有两名士兵用枪胁持着三科荣吉。圭看着应该在三年前死掉神取鹰久，问他为何仍在人世。神取告诉他因为言灵的关系，因为那班人对他很有兴趣，所以便利用传言变成事实的特质令他复活过来。神取要胁圭把盗取的资料交出，否则便把荣吉杀死。圭在无计可施之下，叫PAOFU交出手提电脑。PAOFU只可耸耸肩表现不满后，把手提电脑交出。可是卑鄙的神取鹰久奸笑着，还说圭仍像小孩一样幼稚，于是准备开枪把荣吉杀死，但圭只有在傍喊叫停手。就在这千钧一发的时候，旁边的门忽然打开，挡着从神取手枪上射出的子弹，一条飞快的身影迅速救走荣吉，并且瞬间把两名士兵干掉。这个人便是达哉，他还叫舞耶等人逃走。在这种极恶劣的情况下，众人唯有趁这混乱机会，与在场的士兵一边驳火一边逃去。神取并没有去追舞耶他们，只是对眼前被组织称为「特异点」的少年感到兴趣。达哉叫神取告诉「那家伙」，他会守护舞耶姐和大家的，跟着便发动PERSONA和神取一战。
镜头转到地下停车场，荣吉已经把所有受害者带到货车之上，舞耶和圭等人也逃了出来。荣吉见状便叫他们上车逃走，可是众人S等待追兵前来。前来的追兵是一只被魔化后的怪物，虽然它的叫声很难听，可是仍然叫了荣吉这名字。荣吉知道这只怪物便是他要找的朋友杉本，不过圭S对荣吉说：「原谅我，少年！」，荣吉呼叫停止之后便进入战斗。这一仗的魔化杉本比较之前JOKERBOSS弱很多，除了要注意它的物理攻击外，其馀的攻击也不算得可怕。只要降魔（装备）一些物理防御能力高的PERSONA后，就连它身边的两名REDBERET（レッドベレ`）的物理攻击也可防御。众人把魔化杉本打倒后，荣吉激动地指责圭和神取没有分别，同样会把人杀害。丽便叫荣吉看清楚杉本，他只是倒下并没有死去，圭只是打晕了它。荣吉见状便马上改变态度，除了称赞圭的为人外，还要当圭的细佬。这时丽气愤这次行动没有收获，PAOFU便在怀里拿出一件东西，原来他早已把手提电脑的硬碟取了出来，研究所的资料仍然在他手上。在有更多追兵来到之前，众人驾驶那货柜车离开研究所。当众人回到PLEIADESHOUSE酒店之时，出现了更吓人的一幕
《罚》情节2
第九章（桐岛英理子篇）
千鹤的奇门遁甲离开了PLEIADESHOUSE酒店之后，圭和英理子兵分两路行动，与舞耶一行人去到青叶区的「珠闲留TV」。当英理子等人进入电视台之后，正在等待英理子的是她一些旧同学。那男演员名叫上杉秀彦，统称BROWN，还有前来与BROWN进行摄影工作的雪乃黛，他们同样是在圣艾露美学园的同学，而舞耶的同事藤井也被派来进行摄影工作。英理子他们从BROWN那里得知，望龙千鹤正在化妆间（乐屋）之内，而且有很多节目和杂志也同时谈及她的望龙占卜术，看来是新世塾有意这样安排传媒的。克哉正在问及千鹤是否被新世塾利用时，丽发现有只黑猫一直在旁看着他们。BROWN认得它是千鹤的宠物，黑猫叫了一声后便离开，PAOFU叫众人不要理会，赶紧找千鹤要紧。笔者在此建议玩者在进入电视台之前，一定要去购备足够的道具，因为之后有很长时间也不能走出电视台。
英理子她们在2F的乐屋1之中，看见现今的人气偶像组合MUSES，主音的莉莎（リサ）看来很烦恼的样子，丽却叫舞耶上前取签名。在乐屋2之内看到着名女演员黑须纯子，丽同样嚷着要向她取签名。当众人进入乐屋3的时候，看到刚才在大堂出现过千鹤的黑猫。找不到千鹤的英理子等人，正要离开乐屋之际，黑猫喵了一声，四周的环境便起了变化。除了舞耶等人之外，所有的物件和地方也变成黑白，那只神秘的黑猫却穿墙走出乐屋。对于拥有丰富玄学知识的英理子，一眼便看出已经中了千鹤的奇门遁甲之术。丽问英理子什么是奇门遁甲，英理子解释这是一种风水幻术，刚才的黑猫便是千鹤的式鬼，它把世界的影子空间反转过来。要通过指定的八扇门才可以离开这里，每一扇门也会贴着写上1至8的风水数目字。当舞耶她们正在担心之际，英理子却表现得很兴奋，还说是第一次有奇门遁甲的经验。
众人根据英理子的解释，找到贴上第一道符的「第一STUDIO」。进入之后果然见到千鹤的黑猫。黑猫显得有点意外，英理子逞强地向它说不会怕千鹤的奇门遁甲之术，式鬼却说她们稍后便会清楚奇门遁甲的可怕之处。通过了第一STUDIO后，英理子她们在「第二STUDIO」看到第二道符，可是这次S不能成功通过。英理子为了要搞清楚自己有没有弄错数字，于是决定去找BROWN相谈。她们在3F的乐屋4找到BROWN。正在照镜打扮的BROWN，从镜中看到英理子后吓了一跳，但经过英理子的解释后平复下来。照BROWN的推断来看，英理子等人正处于好像镜里的影子世界，因此所有事物的影像也会左右互相对调。英理子在符上看到的2字，其实是个5字。把事情弄清楚后，众人便要继续找出路，BROWN叫她们有问题可以再找他。
按照BROWN的解释，英理子等人在4F找到贴上第二道符的「第五STUDIO」，结果成功通过那里，但看不到黑猫的踪影。接着众人在「第三STUDIO」中找到第三道符，进入那里后仍看不能黑猫的踪影。正当众人离开之际，背后传来按快门的声音和闪光灯的光。当英理子回头一看，发现一直缠着她的STALKER（注一）桑田真出现了。看到这个肥胖的怪人身上的伤痕，应该曾经被人修理过，可是他又再卷土重来骚扰英理子，还带同电锯来向英理子示爱。面对这种女性公敌，丽马上上前教训他。要留意这怪人的精神系魔法攻，对英理子最有效。另外他的物理攻击也会有少许威胁，但在众人的密集式攻击下，很快便可以收拾他。
注一：意思是指疯狂的爱慕者，会经常向目标作出跟踪和盗摄等行为，更疯狂的会对目标作出伤害，以表达对目标的一种所谓爱意。
收拾STALKER之后便可继续前进，由于镜子作用的关系，这次的目的地是贴上第四道符的「第七STUDIO」。进入录影厂后并没有发现黑猫的踪影，忽然克哉大叫英理子小心，并且飞身扑向她，避过了从天而降的照射灯。众人立即上前看看二人有否受伤，这时之前的STALKER又再次出现。今次的他竟然想杀害英理子，众人便再合力把它打倒。再次打到STALKER之后，克哉便用手铐把它锁起，使他不能再次骚扰英理子。这时开始感到害怕的英理子，得到丽的鼓励后继续前进。众人进入贴着第五道符的「第二STUDIO」时也小心翼翼，看不到黑猫和STALKER之后，便向「第六STUDIO」进发。在众人发现不到STALKER之后，英理子才放心进入。忽然STALKER从布景板跳出来，把丽和英理子吓得花容失色。英理子再不能容忍他，骂他一厢情愿的好意只会令人感到困惑。岂料STALKER问她真的应为如此，虽然她坚决答是，但他继续说英理子和他是一样，对某人也是一厢情愿。在旁看得火爆的丽再也耐不住，上前攻击这个麻烦的STALKER。这次终于把它打得颈骨折断，PAOFU说他连行也成问题，不过英理子仍在意STALKER说自己和他一样的话。克哉问舞耶会否觉得奇怪，为何这STALKER每次也比他们快进入STUDIO，莫非好像那只式鬼所说，这便是奇门遁甲可怕的地方。
经过第七道符的「第四STUDIO」后并没有异样，众人向着最后贴着第八度符的「第八STUDIO」进发。当众人进入了录影厂之后，有一位载耳环的少年走出来（如果有玩过《女神异闻录》的玩者，相信也认得这位主角），更向英理子问好。英理子问他为何在这里出现，他是为了确认英理子有没有守诺言，英理子当然说有并向他走过去。丽觉得这位少年有异样，PAOFU便喝停英理子，并说这少年的眼神很奇怪。少年问英理子是否不信他，英理子答不是，但这少年S说她说谎，并且说这次出现在他面前，是为了和她说两句话，「一厢情愿的好感会令人困惑」、「不要和我再有任何关系」。听到自己喜欢的人向自己说这些话，英理子经不起这个打击，双脚发软跌坐地上。这时克哉向少年的旁边开枪，听到喵的一声后黑猫便出现，少年的幻影也随即消失。PAOFU问克哉为何会想到，克哉应为所谓咒术和幻术的手法也是很古老，之前的STALKER和刚才的少年也是英理子心底恐惧的投影。黑猫听到后显得很愤怒，但黑猫利用那人的样貌来欺骗人，英理子比它更加愤怒。黑猫变成好像老鼠的怪物向舞耶等人袭击，玩者千万不要向黑猫发动任何的魔法攻击，它会全部反射回来。只要向它施展物理攻击便可，如果玩者的PERSONA没有物理攻击的话，用普通的攻击指令也可以。不过要留意它的「电光火石」这招，如果物理防御力低的话，会被扣很多HP。把黑猫收拾之后，英理子为了自己内心的软弱，给众人┞榉扯道歉。丽说明白她的心情，并且以舞耶的口头惮「LET'SPOSITIVETHINKING」安慰她。PAOFU笑说丽在变为JOKER的时候并没有这么可爱，引得众人发笑。最后克哉叫众人赶快破掉最后的法阵。
镜头转到在第一STUDIO播影中的节目，除了节目主持和望龙千鹤之外，还有黑须纯子和MUSES乐队。主持请千鹤为JOKER的事件进行占卜，她走进像魔法阵的中间，手舞足蹈地摇着铜钱占卜。突然她感到异样，双脚一软跌倒在地上，纯子和工作人员上前看她有没有事。她奇怪地说式鬼被消灭了，跟着和工作人员说只是有点头晕，可以继续进行占卜。她占卜的结果是全守护龙也显示女娲之兆，如果继续这样的话，便会有更多人被JOKER附身，因此要在被附身之前把污秽清除。回说舞耶她们从奇门遁甲之中逃出来后，有位电视台的AD叫她们赶快避难，在第一STUDIO中有事发生。英理子叫那位AD冷静些，清楚地告诉她们发生的事。原来当千鹤占卜之时，说就算没有召唤过JOKER，也会被JOKER附身。在千鹤这言论一出，黑须纯子便变成JOKER了。相信是新世塾为了令更多人变成JOKER而散播的这传言，克哉叫舞耶等人尽快赶去。
在STUDIO之内，JOKER纯子向MUSES的莉莎袭击，正当危急之际，达哉出现相助，并和JOKER纯子对峙，莉莎奇怪他为何会在这里出现。「你便是久鹰大人所说的特异点吗，待我帮你引导这班你所关心的小辈吧」千鹤这样说着，「退下，银子（ギンコ）」达哉以奇怪的称呼叫莉莎快逃。就在莉莎迷茫的时候，克哉等人已经赶到现场。千鹤吩咐黑须纯子把达哉杀了之后，她便走到舞耶她们面前。丽高呼不会再信她的占卜，千鹤回应说因为有她这样的人，占卜才会有存在的必要，这样才可以收集大量的「污秽」。千鹤更指着克哉说：「因为有你这样的人，我才会被你们轻视和排斥。在世上没有用的力量！和污秽的血！你们不能容纳和你们不同的人，是愚蠢和污秽的罪人。请看看现在的状况，之后再承认这时好的！人如果不依靠神的启示，便不能继续生存下去」。面对千鹤这些的激烈言论，克哉等人以战斗来回应她。不要误会千鹤会很难对付，其实只要一招普通的攻击已经可以打倒她。问题是她身边的四个式神。四个式神的属性也是不同，分别是火、水、风和地变。他们会反射和自己相同属性的魔法，玩者应该集中攻击一个式神，例如使用水魔法攻势火属性的式神。尽量不要使用全体的魔法，避免会反射回到自己的身上。
打倒所有式神后，英理子拾起千鹤的假人符，很可惜已经被她逃走了。克哉正想找达哉之时，发现他已经离开。莉莎告诉克哉他带了黑须纯子去VELVETROOM清除附身的JOKER，她还叫克哉们帮助「情人」达哉，他看来相当烦恼，但莉莎本人也不知为什么会称呼达哉为「情人」。克哉安慰担心的莉莎，他一定会把亲弟送回学校。PAOFU说这里的事告一段落，赶快回去PLEIADESHOUSE酒店。当众人回到酒店后，看到了吓人的一幕。
第十章无原罪的演讲
当众人回到酒店之内，发现有数名圭的手下躺在血泊之中，丽怀疑是否神秘的SNEAK所为。PAOFU提议众人到他的工作地方，看看之前大家调查出来的成果。众人等待着PAOFU把得到的资料分析的时候，看着正在播影新闻的电视。新闻的内容提及连续杀人的事件不断增加，而且警方无法判定是否同一犯人所为，案件属于无差别的杀人。舞耶她们看得十分无奈之时，出外调查街上状况的丽和英理子回来。和英理子所讲的相同，千鹤的望龙占卜已经令到街上一片混乱，众人都盲目地相信她的言论。PAOFU已经把研究所的资料整理好，圭在研究所看到的巨大机器，好像是称为「JSM」，是一部可以从被JOKER附身的人身上，把JOKER分离出体外的机器。被分离的JOKER会被储存在他们称为「KEGARE」的容器之内。英理子补充千鹤曾经说过要大量收集「污秽」（日语中污秽的读音便是KEGARE），相信便是指这些，但为什么要收集这种东西，现在还未能清楚确定。克哉还看到一些人的名单，全部也是曾经召唤过JOKER的人，还有110和警方无线电话纪录等，事情真的和岛津他们有关。最后PAOFU给众人看一个机械人，这便是利用人的神经组织移植的「二足步行战车」，最惊人的是国家防卫厅有份参与开发工作。克哉把现在的资料整理一下，首先女占卜师把召唤JOKER的人增加，然后黑帮MAFIA把召唤JOKER的人捉回来，再交给神取把JOKER分离然后储存，其中警察扮演提供情报和隐瞒真相的角色，因此岛津经常也阻碍调查进行。这时PAOFU表示现今仍没有证据显示和须藤龙藏有关，如果现在把资料公布的话，只能对那些杂碎人物有影响。这时电视台布导一个由各界名人举办的演讲会，内容和JOKER事件有关，说只要把所有人内心的污秽清除，人们便不会被JOKER附身，连续杀人事件也会停止。地点在平田区的SMILE平田举行，主持是有名的制作人佐佐本银次，协力的是望龙千鹤，于是众人立即赶去演讲会。
众人到了SMILE平田之后，虽然版图很大，可是所得到宝物相当之少，舞耶等人利用升降机可以直达4F的演讲会场。由于演讲会已经开始了，舞耶等人不能中途参加，克哉想到可以利用会场的冷气槽潜入。就在这时舞耶又再记起一些事情，她和达哉等人曾经在女厕的冷气槽令警报响起。于是舞耶和丽到女厕确认没有人，之后再叫其馀三人进入女厕。克哉首当其冲的爬进冷气槽，众人也跟着他爬到演讲会场。到达了会场的通风口，舞耶她们看到有很多人参加这个演讲会，但只看到主持佐佐木银次，并没有看到千鹤的踪影。银次的背后有一座很大的机器，和圭在理学研究所看到的一样，同样有两大支试管接驳着，但多了金龙作装饰之用。佐佐木向在场的人讲解，背后的是千鹤为了消洗众人内心的罪而安排的机器「圣龙伏羲」，只要触摸龙头像，人内心的罪和污秽的东西也会被清洗，重生变成一个无原罪的人。坐在前排的其中一位观众走出来，并且走到圣龙伏羲的面前触摸龙头，机器接驳的容器便产生和研究所时一样的反应。可是那个人却因为身上的罪被清洗而感到很舒服，并且叫全场的人也一起成为无原罪的人。在一呼百应的情况下，全场一起叫着LET'SPOSITIVETHINKING。丽和舞耶也感到十分惊讶，丽问这不是舞耶的口头禅吗？
返回女厕的众人，看到刚才的情况后，便想办法阻止佐佐木收集JOKER。但如果正面进去的话，有可能会伤害无辜的群众，克哉忽然想到利用会场的火灾警报器，去把群众疏散。他和PAOFU首先去到会场外面，舞耶三人利用香烟的烟，令到警报器误鸣。舞耶三人完成任务后，便赶往演讲会场和克哉二人会合。舞耶进入会场后，所有人群已经离开，只有佐佐木仍在和克哉等人争论。在没有结果的口角下，克哉向舞耶示意，舞耶便用手枪把两个巨型容器打破，内里的奇怪液体便流在地上。佐佐木见状大声惊叫，还说这样会有可怕的事情发生。他说得一点也没有错，地上那些奇怪液体忽然全部一起涌入佐佐木银次的体内，经不起这种冲击的银次晕倒在地上。克哉等人见状上前查看，突然他站起来并且发动了JOKERPERSONA。众人见状便明白到底JOKER是什么回事，原来新世塾利用人的罪，把它实体化之后成为人工PERSONA，罪的数量越大，JOKER便会越强大。面对这个JOKER银次，众人也不能避免和它一战。
回复(7):JOKER银次会召唤四只歌斯（ショゴス）帮忙，玩者并不虽要理会它们，尊心对付JOKER银次便可。因为它们会随时发动自爆攻击，如果不能一击消灭它的话，只会浪费玩者心机。就算把它们消灭了，JOKER银次也会替它们复活，所以要集中攻击力在JOKER银次的身上。由于JOKER银次的魔法攻击很强，因此最好降魔一些魔法防御力高的PERSONA，减轻受伤程度和回复次数。最少要利用两个人作回复的工作，其馀三人多些使用合体魔法攻击。
第十一章~SNEAK的真面目~
舞耶她们把JOKER银次打倒之后，众人意识到事情的严重性。为了要减少同样的事情继续发生落去，于是决定把新世塾的资料向传媒公开。他们把资料交给了圭的手下松冈，叫他交给可信的传媒广泛报导。这时克哉的手提电话响起，原来是SNEAK致电来。克哉立即问酒店的命案是否和他有关，因为SNEAK知道无论说什么也不能令他们相信自己，所以再次约克哉到青叶公园的野外音乐堂会面，他将会以真面目见克哉，并且有很重要的事要告诉他们。SNEAK挂断线后克哉便告诉众人，PAOFU觉得这可能是个陷阱，丽也劝他不要前去。可是克哉觉得有需要去赴约，弄清楚酒店命案的真相。PAOFU指他是为了自己父亲的事情才去赴约，因此没有陪他前去意思。克哉听罢也没有办法，只好单人匹马前去见SNEAK。在克哉走了之后，丽便指责PAOFU的说话无情，她要PAOFU一起去追克哉，在没有丽办法之下PAOFU只好前追克哉。
舞取四人通过青叶公园北的入口，进入了野外音乐会堂后，PAOFU带领着众人走进了后台。克哉比他们更快到达，他手持着枪并且小心翼翼地走到舞台之上。当他看到台下站着的人时，觉得十分之意外，原来SNEAK的庐山真面目是他的上司富田署长。署长表明并不知道组织所干的酒店命案，因为组织早已对他不信任，他只是为了赎罪而要告诉克哉重要的事。克哉把枪收起后走到署长旁边，听他说有关新世塾的话。新世塾的最高权力核心，是一个叫「御前」的即身佛（类似木乃伊的乾尸），他是战国时代的名人「澄丸清忠」，统治这块地方的人。它在20年前建造本丸公园时被发现，一切也从那时开始。当时和建造公园有关的人员，现在全是组织的干部。由于清忠的咒术「言灵」的关系，令到当时寂寂无名的人，现在已经成为一些高官权贵。他虽然见过那木乃衣，但干部的人说可以听到它的声音，因此他们便崇拜那木乃伊。听他们的言论，要把珠闲留市之外的世界毁灭，然后再创造一个新的理想世界。那是一个无原罪，利用单一价值观来统治的世界，实现统一民族的理想。现在所流行的望龙术，其实是远古的咒术。可以唤醒巨大的龙，亦即是地下巨大的能量「地脉」。自古以来如果懂得运用地脉，可以令人类繁荣起来。但是龙很讨厌污秽（罪），如果把污秽收集后再大量放出的话，龙便会疯狂地屠杀污秽。到时便会引起全世界天地异变，两极移位，地轴转移，导玫世界毁灭。到时新世塾的人便会乘坐由传言变成事实的古代太空船TORIHUNE，在不受威胁的高处观看。现在言灵已经把TORIHUNE现实化，谁也不能阻止的。现在唯一可以做到的，便是打倒须藤和御前。
克哉并不能相信这事实，就在这时岛津突然出现，还指责署长第二次作出背叛的行为。岛津告诉克哉，署长便是10年前把他父亲出卖的人。当年由于克哉的父亲是个优秀的警察，他追查须藤龙藏的罪行时，把须藤迫上未路，可是这时却被署长和犯人的父亲联手陷害。由于克哉的父亲为保家人和朋友的安全，于是便承认所有罪行。署长也直认他的过错，当他知道克哉进入警察学校之时，便意识到他要为父亲洗脱冤情。署长向岛津声称已经把组织的情报交给可以信赖的人公开，须藤的罪状将会被公开，但岛津说他这样做是全无意义，因为组织已经掌握一切。当署长要拔枪的时候，他已经被岛津开枪射杀。克哉大叫署长的时候，舞耶等人已经从岛津后面出现，并且用枪指着他的头，丽叫舞耶开枪杀了他之际，岛津发出阴邪的奸笑，原来他的手下已经用枪包围着克哉。舞耶和克哉打了一个眼色之后，克哉便开枪发难。
在这一场战斗之中，岛津和他四个SAT手下，也不会发动魔法攻击，他们只会开枪和发出催眠弹。尤其要小心他们枪击的威力很大，随时一枪便可以致命。玩者可以在物理防御方面着手，除了可以使用一些提高防御力的魔法外，在降魔PERSONA的时候，可以选择一些物理防御力高的PERSONA，还有一些拥有对飞具无效或反射的PERSONA，也会对玩者有帮助。把岛津打倒之后，克哉上前为他扣上手铐，不过奄奄一息的他仍然觉得自己和新世塾没错。相反同样奄奄一息的署长，为了所犯过的罪而十分后悔，最后想说出新世塾的根据地时不支死去，克哉向死去的署长致敬，PAOFU也觉得署长是一条好汉。
第十二章PAOFU的目的
舞耶等人离开野外音乐堂之后，便回到PAOFU的工作室。PAOFU已经掌握了须藤龙藏的所有电话网络，包括他的住宅，办公室和手提电话，甚至他用公共电话也可以进行盗听。众人终于等到须藤龙藏的动静，听他和云豹的电话内容，他们已经知道岛津和署长已经死了，而且还知道是舞耶他们下手的。众人也惊讶在何时被敌人监视着。云豹的目的是向须藤取报酬和要求释放他的弟弟，须藤约他到港南区的废工场进行交易，到时会交护照、钱和弟弟给他。云豹叫须藤单人赴约，须藤也答应了他。PAOFU对众人说这是一个好机会，跟着便独自走了出去，临走时还露出怪异的笑容。由于克哉对于PAOFU仍然存有戒心，因此便拜托圭调查有关PAOFU的身份。丽因为担心PAOFU独自行动会有危险，于是便催促众人去废工场追PAOFU。
在某所办公室之内，一班人在神坛之前开会，神取和千鹤也在人群当中。正在以拐杖行路的人便是现任外相须藤龙藏，这个神秘的地方便是新世塾的总坛。当须藤问及一位面色不好的男人有关X-1的试验结果时，这个管原陆将便说要回去测试X-1，并且在离开时因不满须藤龙藏而留下一句「狐假虎威」的说话。现在新世塾的干部们，同样担心称为「特异点」的少年，害怕会阻碍他们的计划，而且也开始对御前的思想有怀疑。听到这里的须藤警告他们，御前的思想是要他们尽力完成使命便行。须藤龙藏一拐一拐地离开之后，其他的干部也相继离开，只馀下神取对着御前，说须藤只是个被野心冲荤头脑的老头。
舞耶四人为了追上PAOFU，进入了须藤和云豹交易的废工场。PAOFU和众人在货柜之上看着早已到达的云豹，但只见他和数名手下，见不到须藤龙藏的踪影。忽然见到云豹和他的手下吃惊的表情，原来并不是须藤龙藏亲自前来，只看到一辆二足步行战车和一大班士兵。云豹见状便立即逃避，只是他的手下来不及反应已被消灭。PAOFU看着独自逃走的云豹，于是一言不发地独自追着他。克哉看着PAOFU的背影道：「那个电话是须藤龙藏为了消灭云豹而设的陷阱，他是一早知道的」，众人现在只好追着PAOFU。在废工场这个版图之内，会有一些输送带的机关，在B2的字条中写着开启控制室的PASSWORD「19750326」，进入控制室之后才可以令输送带转方向，跟着便可以到达第2工场找PAOFU。
第十三章~激战日轮丸~
当舞耶她们到达了鸣海区的约港口（ヨットハ`バ`），圭的管家松冈已经在此等候。他告诉舞耶日轮丸正在珠闲留湾对外10公厘停泊，船的外表和一般游轮没有分别，可是内部S大有文章，于是众人便乘圭的快艇到日轮丸。如果玩者是选择圭的话，松冈会阻止圭参与行动，并说圭为了日后承继南田家，决不应该干这件事。但圭不想简单地承继业，因此有必要印证自己的力量。松冈唯有拜托舞耶她们照顾圭。就在众人乘快艇出海之后，松冈像是向死去了的前管家山冈报告，自言自语说圭已经成长了。为了帮助少主日后的前途，他打电话吩咐人把南田这名字从这事件中消失。
在日轮丸之上，千鹤走进潜水艇的格纳地方和神取会面。神取向她打探「老人」他们的情况，因为快要完成开封的事情，所以「老人」显得有点坐立不安。由于千鹤已经跟了神取一段相当长的时间，因此对于神取的能力是十分之了解。她问神取为何要被龙藏的差遣，还请他带领所有人把「老人」赶出去。不过神取显然对此事不太热心，他反而对于「特异点」少年和舞耶等人才感到兴趣。千鹤问他为何会有这样的想法，他说可能自己还未曾玩够。突然二人也听到一声巨响，连船身也感到震荡。神取知到是「特异点」达哉的所为，而且相信各人也会前来，因此便和千鹤二人乘潜艇出发。当神取的潜艇准备下水的时候，日轮丸的船身发生爆炸，看着红红火光的神取，面上带着一股奇怪的表情。就在潜艇离开的时候，圭的快艇亦赶到现场。
众人登上日轮丸的甲版之后，便和龙藏的天诛军展开激烈的枪战，其间不断由船上传来的爆炸声音。PAOFU称赞达哉弄得场面相当壮观，可是克哉对弟弟的激烈行动感到担心。由于对方的天诛军人数很多，众人为了要比达哉快找到龙藏，PAOFU便提议利用另一条道前进，于是舞耶她们便由船头的入口进入日轮丸之内。日轮丸之内的通道颇为烦复，因此笔者在地图上加上了标记方便认路。当众人走到2B的会议室之内，看来很像祭祠的地方。克哉看着从头顶的光投影在地上而成的地图，找到海底遗迹的位置在舞取所站立的附近。不过看不见龙藏的踪影，PAOFU便催促众人尽快继续前进。
经过了复杂的通道，舞耶她们到达了2F的直升机场。一架军用的直升机降落在停机屏时，看到有四部二足型步行战车X-1和两名天诛军，正在护送龙藏上直升机。忽然一条身影闪入，快速地解决了两名天诛军，身影的主人便是「特异点」少年。达哉向龙藏道：「须藤龙藏吗？你相信的东西是骗人的，不要被操纵。」，「蠢材，这个无理想，被罪所污染的世界才是骗人的，因此要接受惩罚」龙藏反驳道。达哉说：「错，要受罚的是我一个人」，这时克哉和PAOFU等人也赶到。龙藏对众人说教一番，现今世界像他们的人太多了，还叫众人站到他的一方，共同去创造一个无原罪和光辉的王道乐土。对于龙藏的说法众人也很不满，丽更叫他不要说笑，她不会应同老头的妄想。达哉以刑警的身份告诉龙藏犯了内乱罪，可以被判死刑和无期监禁。龙藏见不能改变他们，转身登上直升机。当达哉想冲前之际，四部X-1同时举刀相拒达哉前进。达哉叫舞耶五人对付三部X-1，他个应付一部。这次要应付三部X-1，比较在废工场多出二部，因此会较为吃力。不过玩者吸收过上次的经验后，只要善用电击属性的合体魔法，攻击时三只和一只没有太大分别，但回复方面需要有两个人负责。另外，也要留意当同伴中了敌人的魔封刀，便要再编战斗程序。战斗完了后，担心弟弟的克哉慰问达哉，舞耶也走到达哉的面前。不过达哉却露出愤怒的面孔，问舞耶为什么要前来，舞耶一时也不知如何回答。「身体的痛苦可以忍受，但是．．．！」说完之后达哉便一个人离开了。丽说首次看到愤怒的达哉，身为哥哥的克哉连忙向舞耶道歉。
被龙藏逃了后，PAOFU便建议在船上找工具到海底遗迹去。终于在日轮丸的B1找到潜水艇的格纳库，幸运地还有一艘在空置中。这时船身又再传来爆炸的声响，看来龙藏的船已经支持不住。这个从一架外型好像X-1的机械人传来达哉的声音，原来他早已乘着那部可潜水的X-2之内。克哉劝他不要乘坐那危险的机器时，达哉已经跳到海里。「蠢材！不要呆着说话！赶快进来！」PAOFU催促克哉逃走。眼见四周也开始塌下的克哉，也赶快到潜水艇内出发。
第十四~海底遗迹的封印~
利用日轮丸上的潜水艇，终于找到了埋藏「青龙封印」的海底遗迹。在众人找到遗迹的入口时，发现了达哉乘坐过的空置X-2，还有一艘被破坏的潜水艇，PAOFU说相信是达哉这小子所为。不过克哉显然很担心他，于是众人便赶快走进遗迹之内。遗迹的范围十分之大，而且很多地方也设下了陷阱，其中1F有一个广阔的房间，玩者只有一条路可以通过，其他的地方也会掉下陷阱。由于每次要走颇远的路才可以回到那房间重试，因此玩者要多留意自己的位置。另外遗迹之内会有VELVETROOM和回复之泉，经过漫长的战斗后可以整顿一下军容，转换一些LEVEL较高的PERSONA。不过要记得起码要有两只懂电击魔法的PERSONA，组合出电击系的合体魔法。因为天诛军和二足型步行战车也害怕电击系魔法。
舞耶等人经过了重重困难之后，找到了遗迹的目的地「封印之间」。达哉仍是一马当先进入封印之间，把诛天军解决后，舞耶等人也到达了。可是神取刚刚完成解封的仪式，他把背后那块把龙的活动制御的大石破坏，封印就此被解开了。神取还告诉众人，世界中和这一样的十一块封印之石，早已被他们解开了。千鹤补充龙是地上流动着的巨大能量，之后只要把所有的「污秽」释放出来引龙的移动，这世界将会出现前所未有的破坏。现在御前和龙藏现正前往TORIHUNE太空船之上，舞耶等人可说是输定了。虽然舞耶等人急着追赶龙藏，但眼前的大战必定不能避免。圭问神取为何仍如此执迷不误，他不想再看到神耶失落的样子。但神取并不想被圭同情，还解释光和影也有属于自己的角色，因此他始终也是这样。圭听到这里便决定再次把他打倒，还把千鹤交给达哉应付。
这时游戏出现两种情况。第一种情况，如果玩者之前是选择圭作为同伴的话，这一战的敌人便是神取鹰久和四部X-2。玩者要首要目标是先把部X-2破坏，虽然它比较先前的X-1强劲，不过弱点和X-1相同，只要不断地施展电击合体魔法，很快便可以把它们消灭，不过仍要留意它的魔封刀。真正难应付的敌人是神取，由于利用魔法向它攻击并不奏效，因此玩者要在物理攻击方面着手。因为神取的魔法攻击非常利害的关系，所以这场战斗一定要有两个人同时负责回复的工作，否则很快会被全灭。第二种情况，如果玩者的同伴是英理子的时候，这场战斗的对手便是望龙千鹤。由于这次的千鹤并非珠闲留TV中的假人，因此没有这么容易对付。她会利用分身术变出四位假身，包括真身会有一共五位千鹤攻击玩者，而且四位分身也可以把所有魔法反射，幸好真身不是如此。利用这个特性，玩者只要使用自身无效属性的全体魔法，便可以把真身找出来，并且再集中攻击她。当她的真身受到一定程度的攻击之后，她的四位假身亦会消失。
战斗结束之后，强敌神取和千鹤也被打败，可是遗迹即将倒塌，四周也感到有震荡迹象。神取说要摆脱命运的安排是不容易的，问各人能否改变命运时，达哉便说他是为改变命运而来的，不能再次发生那样的悲剧。神取叫众人立即离开这里，虽然圭等人叫神取一起逃，不过却被他开枪赶走。千鹤留在神取身旁不打算离开，神取为连累她而道歉，不过千鹤却满足和神取死在一起。遗迹倒塌的情况越来越严重，当众人走到出口时，已经到了非逃不可的时候。这时还在拖拖拉拉的达哉，被克哉的喝令之下，和舞耶等人上了潜水艇。当潜水艇全速开动之后，遗迹的四周也开始塌下，众人总算在最后的关头逃出生天。
回到约港口的时候，一直担心着弟弟的克哉，终于忍不着叫达哉停下来，问他究竟有什么事情隐瞒着他，能否和他好好说清楚，达哉却用冷漠的语气说不要和他再有什么的关连。听到这里的PAOFU再也忍不住口，燃点了一根烟后告诉达哉，他的哥哥为了他，把低微的薪水也储起来。克哉听到PAOFU这样说后尴尬地问为什么会知道，丽解释PAOFU为了报复克哉上次调查他的过去，因此请圭调查克哉而知道。PAOFU继续教训达哉，说舞耶为了和他再次见面，不惜亲自烧毁那校章，甘愿为他冒生命危险，问他是否这样仍要继续一个人去冒险。听到PAOFU的一番说话后也忍不住，转身和克哉说他不是他的弟弟。克哉听后十分激动，认为无论发生什么事情，他也是克哉的弟弟，丽唯有劝克哉冷静。达哉叫众人如果想知道真相，便跟他到荒屋神社（アラヤ神社），他便会解释一切。
第十五章~真相~
舞取等人为了知道真相，便跟随着达哉走到莲华台的荒屋神社。众人来到神社的面前，克哉首先问达哉到底发生了什么事。正当达哉想说话的时候，舞耶感到心口痛楚而跌跪在地上，丽见状立即上前察看。这时舞耶又早感应到一些记忆，一位身穿水手服的高中女生正身处在燃烧中的荒屋神社之内。这位看似舞耶少女时候的人不继地叫达哉快逃，伏在地上的小孩便是达哉。小孩的面前是一位正在狂笑的青年人，这人应该是龙藏的儿子龙也。这时小孩体内的PERSONA醒觉起来，攻击那位发狂的青年。舞耶记起这样的记忆之后，露出了惊讶的表情。克哉问是否又再感应到奇怪的事情，不过达哉却像明白发生什么事，还说舞耶体内也有「那一边」的记忆。丽问舞耶看到什么，舞耶把她看到的告诉了众人。他们也很惊讶舞耶所看见事，克哉更说没有可能，这所神社从来没有发生过火警的，以前他经常带着年幼的达哉来玩的。达哉解释这些是「这个世界」的事，PAOFU不明他所讲的，达哉叫众人跟他到岩户山去。
众人跟着达哉到了荒屋神社背后的岩户山，达哉解释这里是一个可以把潜藏在人心底内的记忆反映出来的地方，即使是不想记起的记忆。听罢他的说话后，舞耶等人便继续前进。来到B1的第一个镜之泉，出现在众人眼前的景象，是圭和英理子等人在圣艾露美学园毕业的情况。由于圭要到英国留学，麻希便说距离很远，但圭回答虽然不能见面，但他们之间的距离是不变的。这时圭的管家松冈驾车前来接圭回去，在临别之前麻希提议大家一起承诺，当众人也实现梦想之后，众人要再次相聚。圭和英理子等人也答应后，圭也乘着豪华汽车离去。圭和他们看过这影像之后，便想起了自己因为现在仍未明白成为「日本一」的意思，而且由于身旁不同的时物影响之下，渐渐地把这个梦想忘记。但从现在开始不同了，无论去到那里，圭也会贯彻自己正确的道路。达哉再给众人解释这些便是泉之力，是完全不能阻止的，跟着便继续前进。到了B1的第二个镜之泉，出现了另一个景象。在七姊妹学园之内，达哉、莉莎和荣吉三人，刚巧遇上莉莎和荣吉吵架的场面，并且还互相改花名。就在这个时候，舞耶和雪野在三人面前出现。现实中的达哉向众人解释，由于当时三人被可以实现理想的JOKER咀咒，因此成为了JOKER的目标。当他们查探和JOKER有关的校长时，刚好遇上采访中的舞耶她们，这样舞耶便加入他们一起追查JOKER。说到这时，克哉不明白地问，舞耶和丽是因为采访那个「杀人的JOKER」，后来看到校长被杀才会被卷入事件之中，为什么和那影像不同。达哉解释他们看到的影像是「那一边」世界的记忆，和这个世界的不同。众人听后也十分惊讶，达哉继续说自己是从「那一边」的世界而来，因此和他们认识的达哉不同，他是借用这一边世界自己的身体，内里却是「那一边」的我。众人听后也感到大惑不解，这时达哉又继续前进。
当众人进入了B2的第三个镜之泉，看到在空之科学馆遇上须藤龙也的情景。达哉说当时和他们对敌的JOKER，是称为田面党的首领。影像出现的龙也是组织的干部。田面党从人们那里收集称为「IDEALENERGY」的梦想之心，宣扬人类的进化和灭亡的学说，为了实现被称为「玛尔亚的予言」（マイヤの托宣）。这些也是从须藤、吉荣和佐佐木银次等田面党的干部得知。众人再问达哉，舞耶所有那些奇怪的感应，是否全部也是另一个世界的记忆？她和龙也是否也是从达哉的世界而来？达哉解释龙也纯粹是这世界的人，只是「那家伙」告诉了他「那一边」的存在，他只是被利用的。丽问舞耶是否也不是「那一边」的人，那为什么只有舞耶有「那一边」的记忆？面对着这个令人不明白的问题，达哉只用「有其他理由」想把他们的问题带过，还希望舞耶她们只知道这里为止，否则便不能返回头的。众人当然不想就此便算，舞耶也不希望达哉一个人受苦，达哉感到十分无奈并且继续前进。
来到了B3的第四个镜之泉，淳在舞耶的怀中渐渐地醒过来，达哉、莉莎和荣吉他们十分高兴。达哉拿了一个打火机出来，原来是淳以前送给他的。淳也从怀中拿了达哉送给他的手表，在「那一天」已经停了的手表，现在又再动起来。淳记起了和达哉的约定，二人要一起保护舞耶姐姐。舞耶把那朵蓝色的花交给淳后，淳为了自己做错的事而向舞耶她们道歉。就在这个时候，众人也感到很不妥，就好像被PERSONA压迫着一样。有一位神秘的男人出现在他们面前，并且耻笑田面党的首领也会被敌人的感情影响。现实中的达哉再次向众人解释着，「那一边」的JOKER其实是他的好友淳，因为被伪造的记忆所操纵成为JOKER。除了淳之外，达哉、荣吉、莉莎和舞耶他们，因为10年前田面党的须藤龙也放的那场火，变得距离越来越远。原本的舞耶教导他们要有梦想，无论去到那里五人也要在一起，之后因为舞耶家里的事情而要离开他们。因为不能接受这事实的达哉等人，把舞耶锁在神社之内，却刚巧遇上龙也放火。由于众人也以为舞耶已经死了，他们感到是自己害死她而恐惧，因此把那时的记忆潜藏在无意识之底，并且渐渐地忘掉。之后淳由于这歪曲了的记忆而被「那家伙」操纵，帮助「那家伙」把世界毁灭。
众人听了达哉的说话后，觉得他所说的事情和他们与新世塾的战斗很相似。克哉问操纵着淳的「那家伙」是谁？「表面上是淳的父亲，但内里完全不同，存在混沌的娜鲁拉度何狄布（ニャルラトホテブ）」。「那家伙」和菲利文是相对存在的，潜藏在人们心底之内，玩弄命运的巨大之影。「那家伙」的目的是为了令到这世界和「那一边」发生相同的事，因而利用新世塾。PAOFU问达哉的世界到底发生了什么事情，达哉叫众人继续前进。为了要更接近真相，舞耶等人便跟着达哉前去。
终于到达了B4的镜之泉，一切的真相便在里面。从镜之泉反映出来的，是菲利文的意识与无意识之间。达哉、舞耶、莉莎、淳和荣吉也在一起，「那家伙」和菲利文也同时出现。原来菲利文是知道「那家伙」假扮淳的父亲的，目的是为了观察人类。菲利文和「那家伙」源于人们的内心，是普遍无意识的化身，两个是表里一体存在的。菲利文负责引导拥有强大意志的人，「那家伙」是负责摧毁拥有软弱意志的人。为了观察拥有矛盾之心的人可否进化成为完全之物，全部事情也是由他们二人制造出来的，不过「那家伙」说他的目的不只于此。就在这时舞耶背后出现了「那家伙」的手下冈村真夜，她手持着长枪向舞耶的心房刺去。舞耶倒地之后众人便上前察看她的伤势，荣吉叫莉莎赶快用魔法回复她的伤口，可是无论她们如何施法也没法止血。莉莎问菲利文为何这样时，「那家伙」已经亲自解释。在以前基督被这支枪刺伤之后，他的身体便不停地流血。「那家伙」利用人间流传了二千年的凰当涑墒率档男Ч。奄奄一息的舞耶叫众人把她忘记，但众人当然不愿把这位曾经教导他们追寻梦想的舞耶忘记。「那家伙」却在耻笑舞耶最后死在同名的人手上便是她的梦想（舞耶和真夜的日文发音也是MAYA（マ`ヤ））
达哉问舞耶记不记起这一幕，舞耶惊觉后跌坐在地上。克哉问之后变成如何，达哉解释由于舞耶被同名的女子真夜杀死，这样便应验了玛尔亚之预言令到世界灭亡。因为和「那家伙」战斗的是普遍无意识的世界，所以只要有强大的意念，便可以现实化。因此菲利文便利用了这特性，把达哉他们从十年前相遇的那天开始RESET，把事实和记忆交换，因而创造了另一个新的世界。不过由于「那一边」世界的同伴是用记忆去换取事实的，因而要五人把所有记忆忘掉后，这个法则才可以成立。只要五人也把所有记忆也回复的话，这个世界便会因为两个世界出现扭曲而全消失掉。就是因为这个原因，所以达哉并不希望舞耶插手这件事。众人听了真相之后，显然是不能接受现实。丽和克哉也说达哉在说谎，当达哉为自己没有说谎而辩护的时候，舞耶流着两行泪水走到他的面前。这时游戏会出现两个选项，如果选择「蠢材…！这样只会变成伤害…」（バカッ…！そんなに伤だらけになって…），舞耶便会给达哉两记耳光打醒他。如果选择「够了…已经…够了…」（いいの…もう…いいの…），舞耶便会抱着达哉留下他。不过无论选择那一项，圭或英理子也是时候离队，让出一个空位给达哉加入。
第十六章~古代宇宙船~
当众人离开岩户山之后，各人也察觉已经浪费了很多的时候，要赶快去阻止龙藏的行动。根据街上的传言，那一艘古代太空船现正在地下铁工事现场那里，于是舞耶等人便赶住鸣海区。他们上了一辆没人的地下铁，舞耶便坐在车头的位置驾驶，克哉在她旁边协助，PAOFU和达哉坐着车内的坐位上。丽找到新世塾作运输之用的食物，看到无言对望的达哉和PAOFU，丽便拿了罐咖啡给达哉，可是达哉却不想要。丽问达哉为何只有他一个想起「那一边」的记忆？可是达哉却无言以对，幸运地PAOFU替他解围，叫他不想说的便不用说。PAOFU只想知「那一边」他们是什么样的。他回答克哉没有改变，丽也是被人骗婚，至于PAOFU只知是个收集传言的网页经营者，PAOFU为「那一边」的自己也和这里是一样而感慨。就在气氛僵硬的时候，克哉看到前面没路而叫舞耶停车。众人准备沿着铁路前进，当众人通过不太复杂的隧道之后，走到尽头便看见由传言变成的古代太空船TORIHUNE。
镜头一转到了TORIHUNE内的控制室，龙藏正在向全体的天诛军作出演讲。由于心存御前的心，因此传说中的TORIHUNE便能够实现。现在剩下要做的事，只有把女娲（JOKER）释放出来，现世中的十二条龙便会把所有的污秽一扫而空。新世塾的人群似乎已经被龙藏荒谬的言论吸引着，更一齐大声高呼起来。龙藏继续发表他的谬论，说现在人类的历史中有太多的宗教、民族、欲望和价值观。这些便是人类的历史，是「罪」的历史。现在是时候要清算这些东西了，这便是「罚」。新的未来会由新世塾所创造和带领，建设一个无原罪的世界。不过在群情汹涌的新世塾当中，似乎有一个人对龙藏的言论有意见，这个便是管原陆将，还说他们是异常者。不过他的特别见解已经被龙藏听到，龙藏叫他负责驾驶TORIHUNE，他要和御前登上「@之间」。龙藏在临走之时和管原说，虽然他身患重病，但由于立了大功，御前会实现他不老不死的愿望，「身体也许会有一些改变」龙藏留下这话便离开。
舞耶众人到达TORIHUNE的门外，PAOFU看到十分惊讶。达哉为众人解释，在「那一边」出现和这一样的太空船称为SYBARBER，在船内最好不要想坏的事情，因为它会把事情实现。由于这是因为人们的恐惧、不安和期待，所以利用传言去造成的东西，也就是无意识之世界的实体，因此和菲利文的地方一样，可以把事情实现。丽听来好像很放心，说只要想一些好的事情便没有问题。但达哉叫众人最好什么也不要想，不要忘记这是「那家伙」的地方，跟着众人便进入太空船之内。进入去不久的众人，已经出现不得了的事情，四周也变得十分之热，他们像是热锅上的蚁一样乱跳，最大的问题是门不能开。PAOFU问是否丽在乱想，但丽却否认是她，原来因为达哉想起「那一边」相同的事而变成这样。克哉问当时他们如何渡过的，达哉想起了那时舞耶一边说着开门的话，一边带在大家冲前，于是众人便照版煮碗做一次。
当众人到了B3「嘲骂之间」，丽被房间内的情景吓得跌了在地上，一大班的天诛军躺在血泊之中。众人也在猜想是否「那家伙」的所为，为什么把自己的手下杀了。达哉猜想「那家伙」为了毁灭证，要把所有知道它存在的人杀掉。到了B5的「纠弹之间」后，丽因为很累而不能再行。丽和克哉问为什么这里没有回复之泉和VELVETROOM，这时达哉告诉众人出现了。由于丽和克哉在想，所以他们的想法实现了。克哉问为什么「那家伙」会造出方便他们的事，达哉知道它为了和他们游戏。PAOFU说不要管它想如何，反正可以利用便是。于是四人便分别进入那两间房内，留下了舞耶和达哉二人。达哉走到墙边坐下，舞耶也坐在他的身边。达哉和舞耶相坐而无言，当达哉站起来的时候，舞耶终于开口和他说话。达哉因为自己犯下的罪而内疚，所以忽然略有所思。突然从回复之间和VELVETROOM中，走出了金属型态的荣吉、莉莎和淳。达哉知道三人是因他一时的思念而造出来的，并且叫舞耶后退。当达哉挥刀向金属淳斩下时，发觉无法伤害它。「达哉…我们一起守护舞耶的承诺是谎话吗？」达哉听到这番话时显得有点困惑，「好吧…不要再一个人痛苦了」金属淳说完后便和达哉他们一起消失。这时候丽她们也从房间回来，问为何不见了达哉。舞耶托盘后众人感到达哉会有危险，于是众人便立即去找达哉。
众人在B6找到了「呵责之间」，在房间入面看来和荒屋神社差不多。达哉躺在祭台之上，三位金属人围着他。淳叫达哉不要再受苦，跟着便举剑向他的心房刺去，达哉单手把淳的剑接着。这时克哉等人也赶到来，克哉看到弟弟有危险，于是便向金属人开了几枪。不过克哉的子弹无法伤害他们，PAOFU说物理攻击似乎不行。达哉从祭台跳下来后说：「我会接受惩罚的，可是现时不能」，跟着便和三位金属人发生战斗。因为面前的三人是前作的主角，所以他们的魔法攻击力十分之强劲，尤其是他们的黑暗魔法，随时随地也可以把玩者全灭。因此玩者要准备一些拥有魔法无视和反射的PERSONA，最起码也要防黑暗魔法。另外战斗前克哉也为各位示范过了，物理属性的攻击会完全不奏效。好不容易才把三位金属人击倒，克哉为弟弟包扎伤口，达哉尴尬地向克哉道谢，在体内这世界的达哉也能感受到。他听到达哉这样说后，便走到一旁擦眼泪，看到这两兄弟的感情，众人也十分感动。
为了要破坏龙藏的计划，舞耶等人便加快步伐。不过如果装备和道具不足的话，可以到B7的「转送之间」。那里有一台可以直接出到荒屋神社的转送器，玩者可以利用来补充足够的物品。众人终于来到了太空船的控制室，不过在里面等待舞耶她们的并不是千军万马，换来却是尸横遍野的场面。克哉第一时间上前查看，发现有一位天诛军还未死去，他告诉克哉他们，是管原陆将变了一头怪物，并且四处杀害同伴。这时候在众人的背后传来了一些古怪的厮叫，眼前出现了头恐怖的怪物，相信是那士兵所说的管原陆将。忽然四周发生了一件比看到管原更震撼百倍的事，以珠闲留市华莲台为中心，从地面出现了一座古城，跟着整个珠闲留市被TORIHUNE载上半空之中。
达哉向众人道，相信龙藏一定在那座城里，而且龙藏只欠把「污秽」（JOKER）释放出来，便可以完成他毁灭世界的大计。他们现在还未曾输的，不过首先要把管原那丑陋的怪物打倒。管原这只怪物的攻击并不恐怖，麻烦的是它拥有超多的HP和可怕的回复。玩者千万不要用物理属性攻击它，这只会助它回复HP。要使用火炎属性的合体魔法攻击它，才能追过它的回复速度。由于它的攻击力不强，因此只要有一个人负责回复工作便可。把它打倒之后，因为管原拥有不死之身，所以众人也没法杀掉它。于是达哉便把它打下太空船之底，作为它永远居住的地狱。舞耶她们在控制室四处搜索，可是仍找不能令太空船下降的办法。克哉同意达哉之前的说话，他们现在还未曾输，只要把龙藏和御前打败便可，于是克哉等人利用转送器离开了太空船。
第十七章~世界崩坏~
当众人来到珠闲留城之后，便看到女娲和伏羲之像。地下还有好像北斗七星的转移点，这些是到达各层的重要桥梁。在女娲和伏羲像之间的转移点，是到达2F的「反门之间」。要通过这扇门的话，便要在城内各层找寻不同的石板，并且记下密码，在门前输入「ソンジョウオウ」便可以进入。在房间之内会有很多的陷阱，只有一条路才不会跌下去。玩者只要看到地板上大星，跟着北斗七星的路线行，便可以安全到达房内的转移点，到达8F的@之间，找龙藏和御前决一胜负。在@之间内龙藏又干出了令人发指的行为，看到他手上的凶器，相信地上的人也是被他所杀。克哉等人看见他后的行为后，各人也觉得他已经疯了。龙藏却认为这世界才是疯了，因为世上的人也是有罪的，所以便要接受惩罚。不满他谬论的克哉和PAOFU与他口角，龙藏不理他们的指责，并且对那御前说要完成最后的工作。
他说完了那些话之后，珠留闲城的上空出现了曼陀罗的结界，那些被龙藏收集的污秽（JOKER）全部被释放出来。大地上立即产生反应，被神取他们解开了的龙，在世界各地苏醒过来。由于龙最讨厌污秽，因此便凶猛地向着TORIHUNE上空的罪扑去，因而令到产生极大的能量把大地破坏。看到这世界崩坏在即的龙藏，看来十分满意地狂笑起来。突然龙藏感到有些不妥，原来御前要奖励一下龙藏，把它变成和管原一样的怪物。看到龙藏自作自受的下场，众人决定送它上极乐之路。要把这个怪物龙藏打倒，最重要的是不能使用物理攻击，另外由于它所施展的魔法是以黑暗属性为主，玩者只要留意在这些特性去选择PERSONA作战，要战胜它一点也不难。另外，因为它的攻击力并非太强，因此回复的工作只要一人负责便可。
虽然众人把龙藏打败之后，可是天空上的龙和女娲仍未消失，如果再这样下去的话，后果便会不堪设想。PAOFU叫达哉把罪魁祸首的御前干掉时，地上被龙藏杀了的尸体，突然被御前吸收了，并且化身成为一只巨型的四足怪物。众人为了阻止继续被破坏的世界，便向那御前发出最后的一击。玩者一定要留意它的物理和魔法攻击也颇强劲，因此玩者要有两个人去负责回复的工作。至于攻击方面，要尽量利用神圣魔法，这样会比较有效。几经辛苦终于把那御前打倒，它化作一度红光之后，便由珠闲留城的顶部射出，并且不继地扩散。只看到那些女娲和龙消失了，甚至乎是TORIHONE这首古代大空船也是，只要是由言灵创造出来的东西也开始消失于大气之中。
第十八章~元凶~
在太空船消失的同时，舞耶等人被送到了一个奇怪的空间之内。正当众人大惑不解之际，一团白光带出了一位身穿七姊妹学园校服的达哉。原来他便是娜鲁拉度可狄布，亦即是达哉一直提着的「那家伙」。舞耶她们身处的地方便是它的世界「普遍的无意识领域」。在众人还在惊讶的时侯，达哉已经首当其冲向它一刀斩下，但被它一手接着。它除了变成达哉的模样之外，还一边自我介绍，一边变成众人的样子。它是源自人的内心产生的混沌之神，从人们内心的「三毒」（愤怒、无知、执着）而得到力量，亦即是人们心底潜藏着的阴影部份。当它变回达哉的时候，众人眼前出现了被捉了的荣吉，莉莎和淳三人。它要和众人玩个游戏，只要舞耶她们在这空间中能够克服心中的影子，它便会把一件玩具（人质）交还。如果舞耶她们不能克服的话，玩具内心「那一边」的记载便会恢复过来，只要三人也恢复记忆的话，「那一边」和「这一边」世界也会被毁灭。它说罢那些讽刺和讥讽的说话后，便带着三件玩具消失。
众人身处称为「莫娜多曼陀罗」（モナドマンダラ）的普遍无意识空间，一共会有六个不同的界。包括「理性之界」、「本能之界」、「裁判之界」、「知性之界」、「感情之界」和「断罪之界」。其中每个界也有一度门可以通到RESTAREA，那里有回复之泉和VELVETROOM，也有一度门可以直接出去珠闲留市。不过要在每一个界中触摸水晶后，才能使用那度门。另外，玩者只要找到连接每一个界的阶梯，便可以进入下一个界。当众人进入了「理性之间」之后，便出现了克哉高中时候的情景，他正在和淳的父亲^原先生相谈进路的问题。克哉要进入国立的法律系，目标要成为刑警。^原先生知道以他的成积到那里也可以，可是不明白为何会放弃他当造饼师的梦想。因此问他是否因为他父亲的原故，但克哉说和^原先生没关系便离开教员室。影像消失之后回到「理性之间」。影子克哉说他很后悔为作出的决定，对家人的爱也只是因为责任，长期饰演乖乖的长子很疲倦。克哉对影子的说话，似乎有些迷惑的反应。影子继续进击，说克哉正迷恋舞耶，众人听了也很惊讶。影子叫克哉不要伪善了，要争取想要的东西，这人不可以让给弟弟。克哉好像被迷惑了一样，取出手枪指着达哉，众人也叫他赶快醒来。此时的舞耶说相信克哉不会开枪（信じるわ…克哉さん…），克哉便反手开枪击中影子。如果玩者选另一个答案，荣吉便会恢复「那一边」的记忆。克哉对影子说他否定了他们兄弟之间的关系，是一个重大的错误，而影子克哉失败后便消失了。达哉听到克哉所说的话，从心底里感动了出来。
众人继续前进，到了第二界的「本能之间」，看到丽和舞耶在酒吧喝酒。在谈论舞耶对达哉的思念时，丽慨叹自己什么也不及舞耶。对于自己的工作和感情也十分不满，甚至自己也不能了解自己，找不到自己的立场，对舞耶只有羡慕的份。不过舞耶听着丽沉闷的嗦，不知不觉睡着了。影子丽在众人面前，用言语攻击丽。说她除了一无事处之外，连那女人（舞耶）也觉得她麻烦。丽听到后十分之愤怒，但影子并不会放过丽，问她找到自己的立场没有，并且要舞耶代她答。舞耶说这不是由她所答（私が答える事じゃないわ…），丽听后感到很开心，因为自己的事，一定要由自己所创的。影子看它又再失败，只好快快消失。当众人找到「裁判之间」时，看到荣吉的房间之内。在达哉上前救他之际，影子克哉和丽出现阻止，众人便首先收拾他们。影子克哉和丽所用的PERSONA与真实克哉和丽的最高专用PERSONA一样。就连弱点也相同。影子克哉害怕水和冰结系魔法，影子丽害怕地变系魔法。把二人打倒后，由于荣吉仍然晕倒，菲利文便帮达哉送他回现世。众人继续上路。
来到了「知性之间」后，众人看到PAOFU的PERSONA奥狄西斯，把过世了的浅井美树从墓穴里掘了出来，还握着她的颈撞向大树。奥狄西斯说嵯峨薰的东西，便是他的东西。看到痛苦的美树，PAOFU便想上前营救，不过却被舞耶阻止了（ダメよ`！！あれを攻击しちゃダメ！！）。这时奥狄西斯和美树也消失了，PAOFU终于明白，原来自己一直未能原谅的是自己，不是PERSONA和法律的错，而是因为自己没有能力，所以把美树害死。丽听后便安慰PAOFU，克哉说嵯峨薰在五年前已经殉了职，眼前这个只是名叫PAOFU的男人，叫他把以前的事情忘记。PAOFU亦接受了他们的好意，影子的阴谋也被破坏了。
到了「感情之间」后，「那家伙」又再出现，在它称赞完众人可以来到这里后，便问舞耶记不记得甚么时候会发怒。舞耶答只会感觉到很悲哀（ただ…とても哀しいだけだわ…），「那家伙」再问她为何那么软弱和悲哀，如果真的那么憎它，便开枪把它干掉，但它和达哉是一体的。舞耶并没有开枪打它（击たない），「那家伙」便没趣离开。众人来到了最后的「断罪之间」，达哉看到莉莎被吊着的情景，马上走上前救她，可是却被影子舞耶和PAOFU的阻止。这次和之前一样，影子同伴所使用的PERSONA也是最高专用PERSONA，舞耶是不怕任何的魔法攻击，弱点是物理攻击，PAOFU的物理防御力强，弱点是电击系魔法。把二人打倒之后，菲利文把莉莎送回外面，众人使用房间内的转移点到「那家伙」的地方。
「恭喜，这里是最终点。最后的玩具也在…」娜鲁拉度可狄布向众人指着上空的淳说，达哉叫「那家伙」放了淳，可是它要众人先看达哉所犯的「罪」。画面回到了「那一边」菲利文把五人的记忆和事实换掉，因而创造另一个世界的时候。虽然各人也不愿意把记忆忘掉，可是在这无可奈何的情况下只有照做。当菲利文要把一切RESET的时候，只有达哉不愿忘掉这份记忆，不希望再次孤独一人。「那家伙」解释，由于他一个人背叛了同伴的希望，今到二个世界产生扭曲和时间同步的失调，因此独自保留了「那一边」的记忆。因为他犯下了这个无法补偿的罪，所以「那家伙」安排他与舞耶和同伴再会的命运，令到世界再有机会步向灭亡的道路，这些全是达哉的命运。在旁边听着那家伙说着命运命运，令到PAOFU觉得十分烦闷。克哉和丽也同意PAOFU，还激励一直畏罪而一言不发的达哉。听到众人的说话后，「那家伙」变化为一头怪物「吼月之物」（月に吼えるもの），最终大战一触即发。
要把这只最后首脑打倒，首先要有极长久战的决心和准备，因此回复道具一定要充足。它的物理攻击和魔法攻击同样非常利害。玩者选用PERSONA的时候，除了要选择高LEVEL之外，还要选择拥有可以反射魔法或黑暗魔法无效的PERSONA，但也要准备一至两个理物防御高的PERSONA，舞耶和PAOFU的专用PERSONA便是好例子。把它打败了一次之后，它会再次变成另一个形态。和这个型态对战时，众人再也不能转换PERSONA。另外，差不多打倒它的时候，它会使用「魔封」的魔法，玩者一定要小心。在攻击方面，最好使用神圣系合体魔法攻击，这样会比较有效。
舞耶打倒「那家伙」之后，菲利文出现把淳救了下来，「那家伙」仍然坚持自己的一套矛盾命运之论，众人向它发出最后的攻击收拾它。因为达哉是借用了「这一边」的身体，所以「那一边」的达哉便要离开。虽然众人也很不舍得，可是如果他不走的话，「这一边」的达哉便要长眠在身体之内。不过最舍不得他的人，相信便是一开始便要见他的舞耶。达哉向她的面上吻了一下之后，便挥拳把她打晕。向众人道别之后，体内的达哉便分了出来，并且渐渐地消失了。